Еще в юношеские годы в немецкой слободе Петр познакомился с коллегиальной формой церковно-приходского самоуправления протестантов. Во время своего первого путешествия в Англию он много беседовал на религиозные темы с принцем Ганноверским, будущим королем Георгом I (1714–1727 гг.), дочерью короля Иакова II (1685–1688 гг.) наследной принцессой Анной (1792–1714 гг.), архиепископом Кентерберийским и Йоркским, а также теологами Оксфордского университета. Они и Вильгельм III Оранский (1689–1702 гг.) советовали Петру «возглавить религию», чтобы располагать полнотой монархической власти. Эти беседы не прошли даром: идеи протестантского примата глубоко засели в сознании Петра. Вопрос был в другом: как без потрясения, без нового раскола, привить непривычную русскому благочестию реформу высшего церковного управления? Петру был ясен лишь дух реформы, но юридически и канонически его точно оформить он был бессилен. Нужны были исполнители этих задумок. Поскольку все великорусские архиереи выступили против западных новшеств и этим не понравились царю, Петр, стараясь сломить глухую оппозицию церковных иерархов, стал замещать освободившиеся кафедры украинскими монахами. Он поставил задачу передать Русскую церковь в руки киевских ученых именно потому, что они были школьно подготовлены, к тому же по методам западноевропейской латинской школы. Петру казалось, что через этих церковников Русская церковь перестанет быть ему тормозом в насаждении западного просвещения и западного типа реформ. Однако он был еще не в силах разобраться, что и в западной школе могут вырастать глубоко враждебные его новаторству консерваторы, и в этом смысле ошибся в Стефане, который не подавал царю ни малейших надежд на усердие к церковным реформам. К тому же Петр все больше убеждался, что Стефан сочувствовал ненавистному ему латинскому духу. А московская среда, угадав в Стефане консерватора, отложила в сторону личную вражду к нему и признала его полезным орудием в борьбе с радикализмом Петра. Поэтому он вскоре подыскал себе другого иерарха-западника – Феофана Прокоповича. Впрочем, влияние Стефана Яворского на церковные и государственные дела с самого начала далеко уступало влиянию прежних иерархов. Даже управление церковным имуществом больше не являлось его прерогативой. Для управления имуществом патриаршего и архиерейских домов, а также монастырей, в том числе и принадлежащими им крестьянами (примерно 795 тыс.) был восстановлен Монастырский приказ (в 1701 г.) во главе с астраханским воеводой Иваном Алексеевичем Мусиным-Пушкиным, который стал ведать судом над монастырскими крестьянами и контролировать доходы от церковно-монастырских землевладений. Сюда, а не на патриарший двор, теперь стекались доходы с епархий, отсюда управлялись церковные вотчины. На церковные имения, прежде свободные от тягла, легли тяжелые повинности. Сделав ставку на киевское ученое монашество и несколько разобравшись в двух его школьных направлениях, Петр усиливал подбор из их среды антилатынников и свободомыслящих в кандидаты на архиерейство. Еще в 1700 г. царь поручил киевскому митрополиту Варлааму «поискать из архимандритов или игуменов или других иноков доброго и ученого и благонепорочного жития, которому бы в Тобольске быть митрополитом, и мог бы Божию милостью проповедовать в Китае и Сибири, в слепоте идолослужения и других невежествиях закоснелых человек приводить в познание и служение и поклонение истинного Живаго Бога». Варлаам рекомендовал царю Димитрия, и в начале 1701 г. тот был вызван в Москву, а в марте его поставили в чин митрополита Сибирского и Тобольского. Это было почетное назначение, но оно совсем не обрадовало святителя: слишком далекая и холодная, отличавшаяся суровым климатом, Сибирь не подходила для его ослабленного здоровья. Кроме того, он едва ли мог продолжать в новом звании свои ученые занятия. Димитрий даже слег в постель от огорчения, хотя мужественно намеревался отправиться в дорогу, как только установятся пути. Петр навестил митрополита и, узнав о причине болезни, позволил остаться в Москве в ожидании какой-либо подходящей для него кафедры. Вскоре скончался ростовский митрополит Иоасаф, и Димитрий в январе 1702 г. занял его кафедру.