После бурных дебатов на синоде в Цюрихе, на котором Цвингли не смог переубедить своих бывших соратников, Гребель был публично перекрещен Георгом Блауроком, одним из цюрихских священников. Цвингли и городской совет Цюриха жестко отреагировали на такие действия со стороны бывших соратников Цвингли, среди которых было немало приходских священников и ряд преподавателей библейской школы. В результате начавшихся преследований многие перекрещенцы бежали в другие регионы империи: Эльзас, Пфальц, Тироль, Моравию и Нидерланды. Гонения на анабаптистов, спровоцированные как их богословием (требование крещения по вере, отрицание централизованной церковной организации), так и социальным учением – отрицание присяги, военной службы, отказ подчиняться правительству в сфере противоречащей религиозным убеждениям – усилились в результате Крестьянской войны в Германии. Это было вызвано сильной ассоциацией между анабаптистами и Томасом Мюнцером, являвшимся одним из лидеров крестьянского восстания. К этому же провоцировали и призывы некоторых радикально настроенных анабаптистов, которые требовали насильственного ниспровержения существующих порядков, основываясь на том, что «вера без дел мертва». Усилившееся после Крестьянской войны преследование анабаптистов не только не прекратило движения, но, наоборот, содействовало его распространению: изгоняемые из одних городов, перекрещенцы шли в другие и везде приобретали новых последователей, преимущественно среди низших классов населения, хотя в числе сторонников анабаптизма можно назвать ряд образованных и даже ученых людей (Денк, Гетцер и др.). В 1527 г. Швейцарские братья предприняли попытку оформить свои взгляды в виде систематического изложения веры, известного под названием Шляйтхаймское исповедание, или Шляйтхаймский братский союз, принятый в небольшом швейцарском городке Шляйтхайме, кантон Шаффхаузен. Автором исповедания считается Михаэль Саттлер. Исповедание было принято 24 февраля 1527 г. и стало главным вероисповедным документом анабаптистов Швейцарии и Южной Германии. Однако ни Цвингли, ни Кальвин не приняли этого исповедания. Даже некоторые из видных анабаптистов (например, Губмайер) возражали против отдельных пунктов исповедания. Вторая попытка прийти к общему вероисповеданию состоялась в том же году в Аугсбурге, где лидеры Швейцарских братьев отвергли радикальное апокалиптическое учение Якова Гута. Аугсбургский съезд получил название «Синод Мучеников», т.к. все лидеры анабаптистов, принявшие в нем участие, погибли в течение года после его проведения. Гонения спровоцировали бегство из Швейцарии тех анабаптистов, которые остались в живых. Так, Саттлер бежал в Страсбург, один из наиболее либеральных по отношению к вероисповеданию городов Средневековой Европы, Губмайер бежал в Моравию, где нашел убежище во владениях герцога Лихтенштейна. Денк смог укрыться в Нюрнберге, в 1527 г. он смог вернуться в Базель, однако через несколько месяцев умер от чумы. Тем не менее, к 1529 г. все лидеры первого поколения Швейцарских братьев погибли. Оставшись без образованных руководителей (все лидеры первой волны получили университетское образование и были священниками), анабаптизм начал распадаться на различные течения, возглавляемые в основном малообразованными лидерами. Во время гонений на перекрещенцев ни католические, ни протестантские государи не имели к ним никакой жалости. В Австрии и Тироле они умерщвлялись сотнями. Здесь же погиб и один из лидеров анабаптистов – Балтазар Губмайер. Вильгельм Баварский объявил: «Кто отречется, будет обезглавлен; кто не отречется, будет сожжен». Целыми десятками перекрещенцы всходили на эшафоты и костры, всегда обнаруживая непоколебимую стойкость, удивлявшую современников. М. Лютер даже склонен был объяснять эту стойкость сатанинским наваждением. К этому времени относится появление новых движений анабаптистов. На востоке – в Моравии, где после смерти Губмайера анабаптисты приняли Шляйтхаймское исповедание и стали пацифистами. Со временем часть анабаптистов приняли взгляды моравских братьев и объединилась с ними. Другая часть переместилась немного восточнее, образовав свою епархию с центром в Соботиште, Словакия.