Еще в 1885 г. Общество начало открывать в России епархиальные отделы, которые в 1897 г. действовали в 28 губерниях. ИППО стало восстанавливать, созидать и поддерживать в Палестине сельские церкви, открывать пансионы и школы. Оно содержало амбулаторные лечебницы и больницу. Два пансиона Общества – в г. Назарете (мужской) и в Бет-Джала, подле г. Вифлеема (женский) – служили для подготовки воспитанных в духе православия местных учителей и учительниц для сельских школ. Школы имелись в Назарете, Хайфе, Бейруте, Дамаске, Хомсе и других городах и селениях Палестины и Сирии. Церкви ИППО были в селениях Яффе, Мжделе, Раме, Кане Галилейской и других местах. Для оказания местному населению медицинской помощи имелись амбулатории в Иерусалиме, Назарете, Вифлееме, снабжавшие пациентов бесплатными лекарствами и принимавшие ежегодно до 60 тыс. больных. В Иерусалиме была устроена больница с бесплатным содержанием и лечением. Созданная усилиями ИППО на Ближнем Востоке собственная школьная система к 1914 г. состояла из более чем 100 школ и двух учительских семинарий. Школы ИППО противостояли растворению местных православных общин в окружающей массе иноверного и инославного населения. В них учились дети преимущественно из православных семей, в том числе беднейших. Первая начальная школа была открыта уже в год создания Общества в селении Муджедиль 6 декабря 1882 г., а чуть позже, в 1882–1884 гг., в Галилее были открыты еще три начальные школы. Школы Общества испытывали серьезную конкуренцию со стороны католических и протестантских учебных заведений, а также определенное противодействие со стороны Иерусалимских патриархов. Начиная с 1895 г. новые школы открывались преимущественно в Сирии, на территории Антиохийского патриархата. Учителя в школах были светские, и в первые годы часть из них приглашалась из России, либо получала образование в России. Позднее для подготовки местных преподавателей были созданы две учительские семинарии, мужская в Назарете и женская в Бейт-Джале, ученики в которых получали полный пансион. В начальных школах преподавался Закон Божий, арабский язык, арифметика, география, история и ремесла. Кроме того, во многих школах преподавался русский язык, а лучшие ученики продолжали образование в России. Необходимые учебники составлялись и печатались собственными силами, главным образом, на арабском языке. Помещения для школ обычно арендовались, но в некоторых случаях и строились. Содержание школ обходилось более чем в 240 тыс. рублей в год и было тяжелой нагрузкой для Общества, поэтому, начиная с 1904 г., ставился вопрос о государственном их финансировании. Позднее, в 1912 г., Николай II утвердил одобренный Государственной Думой закон от 5 июля о финансировании учебных заведений ИППО в Сирии отдельной строкой государственного бюджета (более 150 тыс. золотых рублей в год). В 1911 г. общее число учащихся составило 11 112 человек (5426 мальчиков и 5686 девочек), причем в школах Палестины было 1493 ученика, в школах Ливана – 1231, в Сирии – 8388. Через русские школы прошли несколько поколений арабской интеллигенции Ближнего Востока. В первые два десятилетия школы не имели легального статуса и получили его только 1 мая 1902 г. специальным фирманом султана Абдул-Хамида II. Школы ИППО практически прекратили существование после начала Первой мировой войны. Турецкие власти в декабре 1914 г. реквизировали их имущество, закрыли храмы и выслали членов Общества и духовенство из Иерусалима, а в помещениях, приютах и монастырях разместились турецкие солдаты. Сообщение с Россией было прервано. Для ознакомления с историей Святой Земли ИППО были подготовлены научные издания о хождении всех 12 древнерусских паломников допетровского периода. Затем были изданы (с русским переводом) 4 древних латинских (до разделения церквей), 11 греческих и 2 южнославянских паломника, кроме того, были подготовлены 23 отдельных исследования и описания Святой Земли.