Через несколько лет рядом с первыми учениками жило уже 50 монахов. От прота Афонской горы Паисий удалось получить полуразрушенную обитель пророка Илии, поблизости от монастыря Пантократора. Новый монастырь вначале терпел большую нужду, однако братия множилась день ото дня. Монастырские помещения вскоре стали тесными. Отец Паисий ввел в жизнь Ильинского скита забытую многими на Афоне практику «умного делания». Монахи трудились, читали святых отцов, беспрекословно слушаясь старца и непрестанно повторяя Иисусову молитву, чем вызвали неодобрение некоторого афонского инока, который начал обвинять Паисия в ереси. Взяв себе в помощь обширную святоотеческую литературу, отец Паисий ответил обвинителю первым трактатом, посвятив его раскрытию сути Иисусовой молитвы, послушания и чтения писаний святых отцов. Но сопоставляя славянские рукописи разного времени, он неожиданно для себя обнаружил в текстах массу неточностей, описок и расхождений, что привело его в замешательство и недоумение. Пытаясь внести необходимые поправки в славянские рукописи по другим славянским же рукописям, Паисий вскоре оставил бесполезный труд. Он понял, что в деле исправления древних славянских переводов святоотеческих писаний ему нужны греческие оригиналы, но их не было ни в одной из известных библиотек Афона. Паисий ясно сознавал, что без опоры на святоотеческий духовный опыт идти правильным путем к спасению и вести за собой многочисленную братию, вверившуюся ему, не представлялось возможным. Тогда подвижник обратился к Богу с пламенной молитвой, и Господь пришел ему на помощь. Неожиданно в отдаленном ските во имя святителя Василия Великого Паисий обнаружил много греческих первоисточников. Радость обретения бесценных сокровищ оказалась столь велика, что никакие бытовые трудности не смогли поколебать его решимости собирать древнегреческие рукописи святоотеческих писаний и идти вглубь духовного опыта древних отцов Восточной церкви. Однако быстрый рост новой славянской обители вызывал недружелюбные чувства у греков афонских монастырей. Турецкие власти также чинили ей всякого рода препятствия. Испытав многократные притеснения со стороны инославных, и узнав о значительном повышении арендной платы турецкими чиновниками, Паисий принял решение вернуться в Молдавию, чтобы там, среди гор и лесов, основать новый монастырь. В 1763 г. вместе с 60 монахами и послушниками он отправился в путь. Митрополит Молдавии радушно встретил переселенцев, предоставив уникальную возможность организовать свой монастырь в честь Сошествия Святого Духа в Драгомирне, где Паисий ввел общежитие и богослужебный устав Афонской горы. На новом месте все радует и вдохновляет 42-летнего подвижника. В монастыре Святого Духа, живописно расположенном в Карпатских горах, Паисий пишет устав, в котором мирно соседствует жизнь трудолюбивая и созерцательная. Восхищаясь устройством монашеской жизни в греческом монастыре Симеона Нового Богослова, погружаясь в богатейший духовный опыт русского старца Нила Сорского, Паисий сделал главный упор на внутреннем устроении души каждого инока. Никто из братии не смел называть что-либо «своим», все было общее, как Богом данное. Пища принималась совместно, все работы в монастыре выполнялись монахами. Главными добродетелями  считались послушание, смирение, терпение, доброе отношение к другим. День проходил в молитвах и работах. Паисий был примером во всех аскетических добродетелях, часто сам участвовал в общих монастырских делах. Он непрестанно делился с учениками своим молитвенным опытом, после вечерней трапезы вел беседы с братией, читал им и комментировал святоотеческие труды. Материалом для поучительных занятий с братией преподобному служили богодухновенные писания святых отцов Восточной церкви.