Представления павликиан о природе Иисуса Христа близки к докетизму (учению, согласно которому Иисус только казался человеком, а его тело только казалось телесным). Спаситель, согласно их учению, пришел на Землю в качестве небесного существа, будучи посланцем Высшего мира (небесный Град Божий), и после выполнения своей земной миссии, возвратился в свое небесное обиталище. Тело Спасителя напоминало обычное только внешним видом, на самом же деле оно состояло из некоего «тонкого» вещества, привнесенного из Высшего мира, что дало Иисусу возможность совершить чудеса, описанные в Евангелиях. Павликиане считали, что Мария (мать Иисуса) послужила лишь каналом, инструментом пришествия Спасителя в этот мир, поэтому категорически противились почитанию Марии как Богоматери. При этом ссылались на содержащиеся в Евангелиях указания на то, что у нее были другие сыновья после Иисуса (следовательно, она не может считаться «девой»), на неоднократно упоминавшихся братьев и сестер Спасителя (например, Мф. 12:46–48; Мф. 13:55–56; Лк. 8:19–21). Павликиане отвергали культ святых, мощей, икон, церковную иерархию (признавалась лишь одна ступень священства), крещение допускалось только в сознательном возрасте, которое дополнялось сакраментальным принятием Духа Святого (что дает повод считать их предшественниками анабаптистов или пятидесятников). Сведения о христологическом учении павликиан различны: оно далеко от традиционного христианства и интерпретируется и как адопцианское (учение, согласно которому Христос был не Богом, а человеком, получившим особую благодать свыше), и как докетическое. Павликиане придавали распятию Христа символическое значение: Христос снизошел из божественного мира в царство Демиурга, «пропустив» себя через него (подобно тому, как вода проходит через почву). Они не принимали свойственной современным христианам доктрины искупительной жертвы Христа, якобы искупившего своими страданиями грехи человечества, считая это абсурдом. Осуждали поклонение кресту как куску дерева, орудию казни злодеев и символу проклятия и, вместе с тем, почитали крест как геометрическую фигуру, имеющую символическое значение. Павликиане выступали за восстановление простоты, которая была свойственна апостолам, были противниками многочисленных внешних церковных церемоний и ритуалов, что, по их мнению, свидетельствует о духовном упадке христианских церквей. В большинстве своем они отличались строгими нравами, доходя до большой суровости, хотя среди них были лидеры-антиномисты. Так, один из их позднейших вождей, Баанес, за проповедь распутства был прозван «грязным». Павликиане решительно боролись против представлений о магических эффектах от «внешних» церемоний, в особенности – церковных таинств, якобы способных исцелять болезни, решать другие проблемы. Отрицали крещение водой, утверждая, что под крещением Христос имел в виду лишь крещение Духом, т.к. благодаря своим учениям Христос сам стал живой водой для очищения человеческой природы. Также они отрицали причастие, утверждая, что поедание плоти и крови Христа на самом деле является метафорой, суть которой состоит во вступлении в жизненную связь с ним посредством принятия его учения, его слова, которые суть – его настоящие тело и кровь. Павликиане решительно выступали против роскоши и распущенности духовенства, отвергали церковную иерархию, требовали упрощения церковных обрядов, осуждали почитание святых и икон, считая это идолопоклонством, требовали восстановления социального равенства по примеру раннехристианских общин, которое они понимали не только как равенство перед Богом, но и как социальное равенство. В Византии они считались крайними еретиками (их перекрещивали). Именно крайнее отвращение павликиан к культу икон в эпоху иконоборчества вызвало на них гонения обеих партий – и ортодоксальной, и иконоборческой. Иконоборцы особенно стремилась противопоставить себя павликианам, чтобы показать, что у них нет с ними ничего общего.