Для переговоров с протестантами Павел III посылал своих уполномоченных на сеймы и по собственной инициативе назначал Соборы, сначала в Мантуе (1537 г.), потом в Виченце (1539 г.). Чтобы еще больше поднять пошатнувшийся в глазах мира авторитет папства, Павел III решил, что необходимо пойти на созыв Вселенского собора. В 1545 г. специальной буллой «Laetare Ierusalem» папа созвал антипротестантский Тридентский собор (XIX Вселенский собор). На нем были две партии: непримиримая папская и компромиссная, группировавшаяся вокруг германского императора Карла V и названная императорской. Эта партия полагала, что Собор должен, прежде всего, рассмотреть причины распространения еретических учений, а также причины деморализации, вырождения и одичания духовенства и вообще всей церкви. Другая партия (папская) откладывала вопросы о ереси и деморализации церкви на неопределенное время и выставляла требование заняться немедленно догматическими проблемами и осудить те ошибочные толкования и святотатственные учения, которые так распространились странах протестантизма. Императорская партия настаивала на допущении к обсуждению спорных вопросов светских лиц, паписты же были против этого. Они отвергали также мысль о ведении переговоров с еретиками-протестантами, как с равной стороной, чего недвусмысленно требовала императорская партия. Одновременно с выдвижением идеи Собора, созданием нового инквизиционного трибунала и воинствующего ордена иезуитов папа стал вести наступательную политику в Италии в целях увеличения Папской области, понимая это в смысле упрочения в государстве своей фамилии Фарнезе. В 1545 г. папа отдал своему сыну Пьетро Луиджи в наследственное владение Парму и Пьяченцу, наградив его герцогским титулом. Павел III сделал своих младших сыновей (14 и 16 лет) членами кардинальской коллегии, высокими чиновниками папской канцелярии и обладателями богатейших епископий. Внук Павла III, Оттавио Фарнезе, женившийся на внебрачной дочери германского императора Карла V, получил в наследственное владение герцогство Камерино, которое он уступил своему отцу Пьетро Луиджи, а сам получил герцогство Кастро. Военные победы Карла V над протестантами открывали перед ним возможность «реформировать» католицизм, добиваясь смягчения некоторых его злоупотреблений и усиления светской власти по отношению к Риму. Это встревожило Павла III: он отозвал свои войска, громко желал успеха протестантам и начал устраивать против Карла оборонительный союз с Францией, Швейцарией и Венецией. Ради политических целей папа жертвовал церковными интересами и в Англии. Возможно, что на этот «компромиссный католицизм» пошла бы и значительная часть колебавшихся протестантов, если бы Тридентский собор пошел на уступки. Но именно этих уступок боялся больше всего папа, и перевод Собора в Болонью, куда не последовало немецкое духовенство, означал провал попыток к соглашению и компромиссу. В течение короткого времени было два Собора, враждовавших между собой и не пользовавшихся авторитетом. Фактически Тридентский собор с 1547 до 1551 гг. не функционировал и снова открылся под давлением императора в том же германском городе. Он инициировал обновление в церкви, реорганизовал Римскую курию и коллегию кардиналов, назначив них приверженцев церковных реформ, а также утвердил новые монашеские ордена: театинцев, барнабитов, урсулинок, капуцинов и иезуитов. Болонский же собор, по существу бездействовавший, был распущен 17 сентября 1549 г., незадолго до смерти папы. Павел III вошел в историю как один из самых распутных и циничных пап. В интимном кругу он хвастался своим атеизмом. Отвергая Бога, верил астрологам, не предпринимая никаких действий без их совета. Зная это увлечение папы, Николай Коперник (1473–1543 гг.) подарил Павлу III свой бессмертный труд «Об обращениях небесных сфер», посвященную ему и опубликованную незадолго до смерти папы (правда, работа все равно была оценена как еретическая). В период понтификата Павла III Микеланджело закончил свою фреску «Страшный суд», украшающую Сикстинскую капеллу.  Скончался он от апоплексического удара. Как и у многих его предшественников, интересы своего семейства для Павла III имели преимущество перед интересами папства, но говорят, что перед смертью самой большой своей ошибкой  он признал непотизм. См. также ПАПА РИМСКИЙ