Эти гуманные взгляды Павла едва ли находили отклик среди его подчиненных. Впрочем, и сам Павел, можно думать, не всегда их строго держался. На него не раз жаловались московскому правительству разные инородцы, которых он насильно крестил, и московские государи (сначала Феодор, потом Иван и Петр Алексеевичи) запрещали ему насильственное крещение и предлагали «принимать и крестить в православную веру» лишь «добровольно хотящих», «чтобы тем тобольских татар и бухарцев и иных земель приезжих иноземцев не ожесточить». С другой стороны, и Павел жаловался на этих инородцев из-за их крайнего непочтения к обрядам православной церкви, предлагал разрушить в Тобольске татарские мечети и выселить татар на Панин бугор. Однако только первая просьба была исполнена и царский указ от 5-го апреля 1685 г. предписал татарам относиться с большим почтением к обрядам православной церкви. Из этого видно, насколько были натянуты отношения между русскими и инородцами. Но еще сильнее высказалась резкость отношений между православным населением и раскольниками. Их дерзость была так велика, что однажды сам митрополит при выходе из собора после литургии подвергся публичному оскорблению за то, что совершал службу по исправленным книгам. В другой раз раскольники сожгли в светлую заутреню церковь с 400 молящимися. Впрочем, и со стороны православных было также немало враждебных действий: в 1684 г. вышел указ о наказании не только раскольников, но и людей, у кого они проживали, или тех, которые не доносили о расколе по начальству. В то же время имело силу распоряжение сжигать тех раскольников, которые после троекратной пытки не покорятся святой церкви. Эта последняя мера против раскола распространила среди его приверженцев самосожжение, которое было в ходу и раньше, как принятие мученического венца. При митрополите Павле таких случаев религиозной ревности было семь, причем один раз (в 1679 г.) по призыву раскольничьего попа Дометиана собралось с разных мест Сибири до 1700 человек (по другим сведениям – 2700) и сгорело, несмотря на все увещания посланного митрополитом Павлом духовенства. Кроме миссионерско-проповеднической, в иных случаях насильственной деятельности, Павел считал необходимым для борьбы с расколом и иноверчеством построение монастырей, увеличение числа церквей, крайне недостаточного для нужд паствы. Храмы, построенные им, были первыми каменными зданиями в Сибири. Из монастырей, им основанных, известны два: Троицкий в Селенгинске и Посольский-Преображенский. Если проследить всю деятельность митрополита Павла, взглянуть на ее результаты для Сибири, то едва ли можно вывести заключение о ее большом успехе. Надо прибавить к этому и то, что светская и духовная власти часто враждовали между собой и поэтому не могли действовать единодушно. Напротив, царские воеводы «за презорство, гордость, неистовое житие, за блудодеяние, за непристойные и порочные слова» были даже предаваемы митрополитом анафеме (например, тобольский воевода Михайло Васильевич Приклонский) или сажаемы в тюрьмы за поношение архиерея (например, тюменский воевода Тимофей Григорьевич Ртищев и якутский Иван Васютьевич Приклонский). Митрополит Павел умер недалеко от города Соликамска (Пермской губернии) на Усольском волоку Чикмане, по дороге в Москву, куда он был призван по царскому указу и ехал, потрясенный незадолго до того апоплексическим ударом. Первый удар был 26-го июня 1691 г., второй (смертельный) – 4-го января 1692 г. Тело его похоронено в Суздальском Спасо-Евфимиевом монастыре.