С января 1646 г., когда Паскалю было 22 года, он три месяца тесно общался с двумя медиками-хирургами, жившими в их доме и лечившими его отца от вывиха ноги. Врачи, оказавшиеся янсенистами (последователями одного из мистических течений в католицизме), использовали свое положение в ситуации болезни главы семьи и уязвимости сознания ее членов религиозно-мистическими идеями. Янсенистам удалось оказать особое влияние на восприимчивого Блеза, а через него – и на остальных членов семьи: это оказало определяющее влияние на всю последующую жизнь их семейства. В результате Паскаль обратился к глубокому изучению идей, изложенных в опубликованной в 1640 г. книге голландского теолога К. Янсения «Преобразование внутреннего человека» (где одинаково осуждается и сладострастие плоти, и сладострастие духа, под которыми разумеется удовлетворение чрезмерной пытливости, как проявления утонченного эгоизма и самолюбия), а также книг французских современников, превративших столичное аббатство Пор-Рояль в оплот янсенизма. В своих трудах янсенисты резко критиковали те казуистические принципы, которые в области этики насаждались иезуитами. Вожди Пор-Рояля подвергали строгому осуждению современные нравы, настаивали на необходимости для человека посвящать свои помыслы борьбе со страстями – началом (в их глазах) разрушительным. Один из пагубных рассадников духовного развращения они, как пуритане, видели в театре. Янсенисты много внимания уделяли педагогической деятельности, усовершенствованию преподавания, реформе церкви, усиленно разрабатывали принципы картезианской (декартовской) логики. Хотя они утверждали, что человеческое поведение предопределено свыше, соприкасались в этом с учением Ж. Кальвина, однако не противопоставляли себя католической церкви, не порывали с ней, а требовали только частичных реформ. Янсенисты не только выступали с критикой католической церкви, но и группировали вокруг себя представителей парламентской буржуазии и дворянской интеллигенции, недовольных абсолютным режимом (основными руководителями движения после смерти Сен-Сирана с начала 1640-х гг. стали члены многочисленной семьи Арно). Чувствуя в янсенистах своих противников, правительство их жестоко преследовало, подвергало гонениям обитателей монастыря Пор-Рояль. Несмотря на то, что к движению примыкали и испытали его воздействие многие крупные представители французской литературы, оно во многом носило сектантски-замкнутый характер. Объявив человеческую природу греховной в своей сущности, янсенисты искали утешения в отшельничестве и внутреннем самоусовершенствовании, проповедовали воздержание от активного общественного вмешательства в окружавшую их действительность, поэтому не могли сплотить и увлечь за собой народные массы. Из их религиозно-мистической литературы впечатлительный Блез усвоил свойственный многим «опьяненным» мистикам принцип бескомпромиссной жизни только для Бога. Он решил бросить занятия наукой, хотя сделать это было не так легко: несмотря на свои усилия, Паскаль не мог, например, устоять против желания проверить опыты Торричелли над тяжестью воздуха. Но занятия физикой только на время отвлекали его от философских вопросов. Новые религиозные устремления Блеза, поддержанные его семьей, определили его роль как ее лидера: он стал «духовным отцом своего отца и своих сестер», как утверждала одна из них. Но, погруженный в мучительные думы над великой проблемой человеческого существования, Паскаль не находил ничего, что могло бы исцелить тоску его неудовлетворенной души.