Самоубийство «колеблет в обществе убеждение в неприкосновенности человеческой жизни и указывает на то, что самоубийца не проникнут этим убеждением». И.В. Попов отказывался видеть в самоубийстве лишь следствие психического расстройства – большая часть самоубийств достаточно мотивированна. Он выделял ряд психологических и социальных причин этого явления (ослабление инстинкта самосохранения под влиянием продолжительных болезней и страданий; атрофия воли под влиянием чрезмерно развитой наклонности к анализу собственных состояний; отсутствие объективных целей жизни и ограничение их эпикурейским стремлением к удовольствию; необузданность желаний; влияние примера) и намечал возможные меры по его предотвращению. Среди последних И.В. Попов выделял воспитательные меры, особенно отмечая благотворное влияние семьи и церкви как главнейших воспитательных учреждений: «Человек живёт постольку, поскольку сознаёт себя членом какого-нибудь целого – семьи, церкви, – основанием которого служит любовь. Человек живёт постольку, поскольку он любит!». С 1894 по 1916 гг. И.В. Попов участвовал в магистерских и докторских диспутах, давал отзывы на магистерские и докторские сочинения, а также рекомендации для присуждения премий за богословские и исторические труды. В 1899 г. опубликовал библиографические заметки по зарубежным богословским статьям («Новости иностранной литературы по патрологии»), в 1901 г. в статье «Древнецерковная жизнь и её деятели в текущей духовной журналистике: (Обзор русских журналов)» проанализировал практически все вышедшие работы по этой теме. Вместе с Анатолием Петровичем Орловым перевёл с французского и отредактировал «Историю древней Церкви» Луи Дюшена (М., 1912 г. том 1), под его редакцией и с его предисловием была издана на русском языке «История средневековой философии» Альберта Штёкля (М., 1912 г.). Главные церковно-научные труды И.В. Попова посвящены вопросам патрологии. В 1903–1907 гг. он написал ряд статей о св. отцах для Православной богословской энциклопедии (о Василии Великом, Григории Богослове, Григории Нисском, Дионисии Ареопагите, Дионисии Александрийском) и «Богословского вестника» (об Афанасии Великом, Макарии Египетском, Иоанне Златоусте). В качестве основополагающей идеи и движущей силы восточнохристианского святоотеческого богословия И.В. Попов особо выделял идею обожения, которой посвятил специальную работу «Идея обожения в древневосточной Церкви» (1909 г.). В основе этой идеи лежит «жажда физического обновления» человека «через общение с Божественной природой». Этой идее подчинены все проявления древнецерковной мысли, благочестия и культа. В ней находит оправдание и подлинное обоснование христианский идеал нравственного совершенствования: «...Святость личности рассматривалась отчасти в качестве условия, отчасти же в качестве результата преобразования Божественной силой самой природы человека».