И.В. Попов выразил согласие с мнением профессора П.Я. Светлова о том, что такая необходимость отвечает интересам как университетов, так и церкви и государства. В университетском образовании разобщённость интеллигенции и церкви, религии и науки приводит к одностороннему направлению и господству позитивизма. Без знакомства с богословием не могут обходиться многие науки: философия тесно соприкасается с богословием по содержанию и исторической традиции; государственное право – в фундаментальном вопросе об отношении церкви и государства; естествознание соприкасается с религией в вопросах космологии и антропологии; медицина, в том числе психиатрия и невропатология, ставя вопросы о сущности и об основаниях психических явлений, о бессмертии, о происхождении жизни, о свободе воли, о нравственной ответственности и т.д., требуют от исследователя понимания богословских вопросов. Для церкви, считал И.В. Попов, учреждение богословских факультетов также является необходимостью: «...Разобщение... веры и просвещения составляет истинное бедствие нашей религиозной жизни». Богословие не может быть научно разработано без методов и выводов других наук: «Нельзя изучать каноническое право, не зная элементов юриспруденции. Церковная история и история церковной литературы требуют от исследователя глубоких познаний в восточных языках, в классической философии, в истории греко-римской культуры и в истории древней литературы. Для экзегета необходимо классическое образование. Христианский апологет должен быть хорошо знаком с математикой и естествоведением». В свою очередь, для государства важно взаимопонимание между просвещённым духовенством и обществом, а также чтобы граждане, призванные к участию в государственном и церковном управлении, могли получить в высших школах достаточно богословских познаний для разрешения таких вопросов, как свобода совести, отношение церкви и государства, участие духовенства в политической деятельности, развод и церковный суд, права церковных приходов. С 1907 г. И.В. Попов преподавал на историко-филологическом факультете Московского университета (приват-доцент по истории патристической философии и истории догматов); читал факультативный курс «Происхождение современного церковного сознания» (1907–1908 гг.), а также философию Средних веков (1909–1915 гг.). В марте 1917 г. (после Февральской революции) был избран редактором «Известий Распорядительного Комитета» (Сергиевский посад), однако вскоре отказался от этой должности в связи с работой на епархиальном съезде. 7 мая 1917 г. в Петроградской духовной академии защитил докторскую диссертацию «Личность и учение блаженного Августина» (опубликована в 1916 г. и удостоена премии имени Московского митрополита Макария), 15 мая решением Совета Московской духовной академии был переведён на должность ординарного профессора.