Тело Христа было человеческое, однако «тело необычайное». Свойства смертного тела в Иисусе превратились в свойства тела эфирного и божественного. Сам способ соединения божества и человечества во Христе мыслится Оригеном недостаточно отчётливо. Так как божеская природа не могла соединиться с телом без посредника, то он разрабатывает концепцию души Христа. Между душами неизбежно намечалась разница, и одна из них с самого момента творения неотделимо и неразлучно пребывала в Премудрости и Слове Божьем. Эта душа, приняв в себя Сына Божьего, с принятой ею плотью по справедливости называется Сыном Божьим, Христом и Божественной Премудростью, как железо, раскалённое в огне, уже не отличимо от огня, есть само огонь. Ориген не хочет допустить, чтобы «всё величие божества было заключено в ограниченном теле, чтобы всё Слово Божье отделилось от Отца и, пленённое и ограниченное телом, не действовало уже вне Его». Возникающее недоумение он старается погасить негативными формулами, но безуспешно. Во Христе получается род одухотворённого, обожествлённого существа, но не божеского. Отвергая гностическую мысль, что материя есть зло само по себе и допуская, однако, что Бог дал материю за грехи тем, кто подлежит наказанию, Ориген естественно занимает колеблющуюся позицию в вопросе о воскресении мёртвых. Он признаёт, что наши тела воскреснут, но это совсем не те тела, о которых мечтают «верующие в воскресение глупо и совершенно неразумно»: если бы воскресали настоящие дебелые тела, то только затем, чтобы снова умереть. Ориген беспощадно высмеивает хилиастов: «Они желают, чтобы и потом было то, что есть». Он говорит, что эти люди не верят апостолу Павлу, что плоть и кровь Царства Божьего не наследуют, что все мы изменимся (1 Кор. 15). Ориген представляет дело так. В наши тела вложена сила, похожая на ту, которая присутствует в зерне пшеницы: после разложения и смерти зерна она обновляет и восстанавливает зерно в теле стебля и колоса. Тела грешников будут добычей огня, но, разумеется, огня внутреннего, сжигающего наши грехи. Но огонь мучений есть в то же время и огонь очищения. Всем падшим разумным существам (в том числе и духам злобы) в будущем открыт путь возврата к безгрешному состоянию. Душам праведников предстоит бесконечное усовершенствование, прежде всего, со стороны познания. После разлучения с телами они проходят на земле школу душ, в которой изучают всё, что видели на земле, а после окончания этой школы переходят в небесные царства, проникая туда через ряд сфер или небес (как у гностиков), под водительством «того, кто прошёл небеса, – Иисуса Сына Божьего». Достигнув небес, святые уразумеют жизнь светил, этих разумных созданий, поймут их обращение, а потом перейдут к изучению того, что невидимо. Почти все без исключения гностические системы выражают в резких формах неприязнь к Ветхому Завету, что было неизбежно: еврейский монотеизм не делал никаких уступок гностическому дуализму. С другой стороны, оптимизм ветхозаветной религии был смертельным врагом гностического пессимизма и аскетизма. Ориген посвящает разбору притязаний гностицизма в этом пункте 4-ю и 5-ю главы второй книги «О началах». Но теоретические доказательства, как бы они ни были искусны, не могли быть решающим моментом в чисто религиозном споре. Гностики, особенно Маркион, опирались на тексты, а многие цитаты из Ветхого Завета беспощадны. Ориген полагает, что именно они многих бросили в объятия гностицизма: «Причиной ложных, нечестивых и неразумных (гностических) мнений о Боге служит не что иное, как понимание Писания не по духу, а по букве». Чтобы выйти из затруднений, в Священном Писании необходимо различать троякий смысл сообразно тому, что и человек состоит из тела, души и духа. Аллегорический метод толкования даёт Оригену (как раньше Филону Александрийскому) возможность вычитывать в Библии такие вещи, которым удивились бы сами авторы священных книг. Но только с этим методом можно было укрыться от нападок гностицизма. Его этика также отражает следы усилий обезвредить гностицизм, где она неизбежно пессимистична: человек – банкрот; материя есть зло; своими силами победить её человек не может.