Николай I Мистик вновь занял патриарший престол. Им было написано письмо Римскому папе, в котором он, «критикуя с оскорбительной строгостью поведение василевса, порицая с презрительной жалостью слабость Сергия III, обманутого своими легатами, читая наставление латинянам, высокомерно требуя в особенности исправления произведённых скандалов». В четвёртом браке императора он видел лишь блуд и считал вдову Зою и её сына виновными в своём падении. Вместе с императором Александром он выслал Зою из Константинополя. После смерти Александра патриарх стал во главе регентского совета при малолетнем Константине VII. По сообщению анонимного автора византийских хроник Продолжателя Феофана, Николай Мистик, ещё не зная о том, что ему поручат возглавить совет, послал письмо Константину Дуке (сыну мятежника Андроника Дуки) с предложением войти в столицу и захватить власть. Он пришёл на ипподром, но не был принят толпой. Вспыхнул мятеж, в котором Константин Дука был убит, а патриарх Николай Мистик затем подавил данное восстание. В августе 913 г. Константинополь пытались осадить войска болгарского князя Симеона I Великого (864–927 гг.), но видя бесперспективность попытки, Симеон I попросил мира. Николай Мистик пришёл в его лагерь: «…Симеон склонил перед ним голову. Как рассказывают, патриарх, сотворив молитву, вместо венца водрузил на его голову свою накидку. Ублаженные бесчисленными и богатейшими дарами Симеон с сыновьями, хотя и не было меж ними согласия по поводу упомянутого мира, вернулись в свою землю». Согласно Иоанну Скилице (XI–XII вв.), это произошло во Влахернском дворце. Современные историки считают рассказ о том, что Николай Мистик возложил на Симеона I не венец, а лишь свою накидку (т.е. совершил лишь пародию на коронацию), позднейшим дополнением с целью дискредитации Симеона I в роли царя. Действие патриарха вызвало неоднозначную реакцию, и в поисках поддержки Николай Мистик вернул во дворец ранее изгнанную им вдову Льва VI Зою и, чтобы иметь контроль над ней, постриг её в монашество, объявив своей духовной дочерью. Однако Зоя обманула патриарха, сделав обряд недействительным, т.к. перед постригом съела мясо. Живя во дворце, она постепенно нашла себе сторонников и в феврале 914 г. организовала нападение на патриарха, который хоть и не пострадал, но три недели провёл в церкви, опасаясь за свою жизнь. Выйдя из неё, он признал своё поражение, императрица Зоя сместила поставленных им чиновников, объявила своё монашество недействительным и стала править как регент при своём малолетнем сыне. В 919 г. она была свергнута Романом I Лакапином (919–944 гг.), которого Николай Мистик 17 декабря венчал как соправителя Константина VII Багрянородного, женившегося на дочери Романа I. Зою, как покушавшуюся на жизнь Романа I, выслали из дворца и вновь постригли в монахини. При императоре Романе I состоялся церковный Собор, примиривший сторонников патриархов Николая Мистика и Евфимия II по вопросу четвёртого брака Льва VI. Собор определил: «По общему соглашению мы объявляем, что четвёртый брак – вещь безусловно запрещённая. Кто осмелится его заключить, будет отлучён от церкви, покуда будет упорствовать в своём незаконном сожительстве. Отцы церкви держались такого мнения, мы же, поясняя их мысль, провозглашаем, что это действие, противное всякому христианскому установлению». В отношении четвёртого брака императора было сказано, что он стал нисхождением к его императорскому достоинству. В последние годы своей жизни Николай Мистик направлял миссионеров к аланам и хазарам, поддерживал переписку с армянским царём Ашотом II Железным (914 – 928/929 гг.), пытаясь вернуть армян к греческой церкви. Предполагается, что во время аланской миссии были воздвигнуты первые сохранившиеся на территории Российской Федерации христианские храмы. Святитель Николай Мистик скончался 15 мая 925 г. Из его сочинений известны: «Исповедание веры», «Беседа» (произнесённая при слухе о разорении Фессалоник в 904 г.), 163 письма (к разным лицам). Кроме того, Николай Мистик писал толкования на Священное Писание и составил четыре канонических постановления: три о браках и одно – о невзимании денег за патриаршие грамоты. Сочинения святителя включены в 111-й том Patrologia Graeca.