С помощью своих легатов папа пытается влиять на самоизбрание и на провинциальные Соборы, за решениями которых он признаёт силу лишь после утверждения их папой. Соборы, созываемые в Риме, становятся безмолвными свидетелями решений, которые (как и декреты прежних пап) обладают непререкаемой силой во всей церкви. Желая уничтожить остатки автономии Равеннского архиепископата, Николай I воспользовался жалобами епископов Эмилии на архиепископа Иоанна X (850–878 гг.), который угнетал жителей папской территории, применял насилие к своим епископам, вымогал у них деньги и незаконно заключал священников в тюрьму. Он также изготовил поддельные документы, чтобы поддержать свои претензии к Римскому престолу, и жестоко обращался с папскими легатами. Поскольку предостережения папы оказались безрезультатными, и архиепископ проигнорировал требования о явке в папский суд, он был осенью 860 г. отлучён от церкви. Иоанн X посетил императора в Павии, а затем всё-таки решился отправиться в Рим. Однако после того как Николай I раскритиковал его на Латеранском соборе 861 г., Иоанн X бежал из Рима. В дальнейшем он покаялся и был прощён папой. Позже (в 862 г.) вступил в сговор с архиепископами Трира и Кёльна и снова был отлучён. Однако главным оппонентом папы на Западе стал архиепископ Реймса Хинкмар (845–882 гг.), пытавшийся отстоять независимость национальной франкской церкви. Против его выпадов папа выступал самым решительным образом. Когда Хинкмар провёл осуждение и низложение своего суффрагена, епископа Ротхада II из Суассона, тот обратился к папе с протестами против решений синода в Суассоне 861 г., который его низложил. Николай I усмотрел в этом нарушение прав Рима и добился восстановления Ротхада (865 г.), подтвердив буллой архиепископские права Хинкмара при условии повиновения Риму. Хинкмар выступил против обращения к папе, но, в конце концов, был вынужден признать примат папы в разрешении подобных споров. Новый спор вспыхнул между Хинкмаром и папой по поводу возведения священника Вульфада в сан архиерея в Бурже, но здесь Хинкмар снова был вынужден подчиниться указам Апостольского Престола. Николай I показал особое рвение в вопросах поддержания церковной дисциплины, особенно в сфере брачного законодательства. При Николае I Рим становится центром христианства. Со всех концов сюда стекаются пилигримы, епископы с просьбами о привилегиях, клирики с жалобами и ходатайствами, миряне с просьбами о заступничестве, преступники с покаянием. Прибывают посольства от государей и даже от Византии. Папа улаживает раздоры, старается предотвратить войны, заступается за обиженных, ищущих у него «спасения не только души, но и тела». Когда жена графа Босо Ингильтруда бросила мужа ради любовника, Николай I приказал епископам во владениях Карла II Лысого (823–877 гг.) отлучить её, если она не вернётся к мужу. Поскольку она отказалась явиться на Миланский собор в 860 г., на неё наложили епитимью. Папа был также вовлечён в борьбу с епископами Лотарингии по поводу неприкосновенности брака. Когда король Лотарингии Лотарь II (с 855 г.),  средний сын Лотаря I и брат Людовика II, решил развестись со своей женой Теутбергой (Тьетбергой) из-за её бесплодия и связи со своим братом и жениться на любовнице Вальдраде (ум. после 869 г.), у которой от него был сын, знатные родственники жены возмутились. На Синоде в Аахене 28 апреля 862 г. епископы Лотарингии одобрили этот союз. Николай I, который был ставленником Людовика II, признал развод незаконным, вернул Лотарю II его первую жену, а Вальдраду и епископов, помогавших ей, отлучил от церкви (в том же году сама Тьетберга стала просить папу о расторжении её брака). Тем самым папа одержал ещё одну важную победу над императором. На Синоде в Меце в июне 863 г. папские легаты, подкупленные королём, приняли решение Аахенского синода и осудили отсутствующую Теутбергу. Папа осудил епископов, которые признали новый брак короля, и подчеркнул своё право порицать светских владык. Два архиепископа (Гюнтер из Кёльна и Тьетго из Трира) явились в Рим в качестве делегатов, где были низложены папой. Император Людовик II Молодой воспротивился этому решению, в то время как король Лотарь II двинулся на Рим с войском и осадил город, так что папа был заключён в течение двух дней в соборе Святого Петра без еды.