Считая, что соотношение природ должно описываться как «единство», а не «сочетание», он говорил, что недопустимо поэтому относить евангельские и апостольские изречения о Христе отдельно к Богу и к человеку. Несторий же, по утверждению Кирилла, разделял Христа на «два сына», «два Христа» и «два лица», а соединение мыслил лишь относительным. Сам именовавший в своей проповеди Деву Марию Богородицей, Несторий не признавал это именование богословски безупречным и тем более обязательным, поскольку субъект рождения от Марии – Христос объединял в Своём лице Божество и человечество. Рождение произошло по его человечеству, по Своему человечеству Христос претерпел страдания и смерть. Приписывание рождения, страданий и смерти Богу-Слову и отождествление «человека» со Словом есть вытеснение человечества из поля субъекта, а отождествление Христа и Бога-Слова означало для Нестория возрождение учения александрийского священника Ария (ум. в 336 г.) и Аполлинария, считавших человечество Христа неполным. Мыслить лицо Христа как лицо Слова, отвергая соединение на уровне лица, значит «выделять» лицо Слова, внося разделение в лицо Христа, которым явлено единство Богочеловека. Единство на уровне ипостаси для Нестория было невозможно в силу того, что ипостась есть не что иное, как конкретная реализация природы, а единство на уровне природы, «единение естеств» невозможно потому, что означало бы, что Бог страдал и умер по природе, что есть абсурд и ересь, осуждённая церковью как аполлинаризм. Термин «сочетание» использовался каппадокийцами (см. Каппадокийцы) для описания единства ипостасей в Троице, поэтому его дискредитация как описывающего «внешнее» или «относительное» единство природ несостоятельна. Раздельное же отнесение библейских изречений о Христе к Богу и к человеку возможно в силу того, что Христос есть совершенный Бог и совершенный человек. Христос есть вочеловечившееся Слово Божье, и образы облачения в человечество и пребывания в Нём как в храме подчёркивают, что инициатива Воплощения исходит от Бога, но Христос – это и новый Адам, преодолевший искушения и совершивший подвиг послушания вплоть до принятия Креста. Лицо Христа, говорил Несторий, едино и уникально, в Нём нет никакого разделения. Мыслить о Нём можно только в контексте вочеловечения Слова, когда проявления Божества неотделимы от проявлений человечества. Теоретическое созерцание лица Слова как такового возможно, но при допущении созерцания в лице Христа лица человека. В реальности же это одно и то же лицо Христа, Господа. Обвинение в разделении Несторием лица Христа несостоятельно, он лишь отвергал отождествление лица Слова и лица Христа и утверждал, что и Божественную, и человеческую составляющие лица Христа необходимо признать совершенной. В противном случае, считал он, произойдёт возврат к христологической схеме Ария и Аполлинария. Единство Христа, Сына и Господа проявляется в единстве его воли, в которой, как и в его лице, явлена нераздельность Богочеловечества. Человечество Христа, говорил Несторий, не может быть названо «сыном» вне единства с Сыном Божьим; обвинение в «двойственности сынов» отвергается им категоричным образом. В дохалкидонском богословии в целом понятия «природа», «ипостась» и «лицо» были тесно взаимосвязаны, а потому при исповедании двух природ исповедовались и две ипостаси, что в конечном итоге подразумевало и два лица. Поэтому учение Нестория воспринималось как разделение Христа на двух Сынов, даже если сам Несторий и пытался свести единство двух ипостасей Бога и человека в едином лице соединения. Кирилл Александрийский отвергал ипостасное разделение во Христе, настаивая на исповедании природного единства единой ипостаси воплощённого Бога. Именно поэтому он отстаивал важность термина «Богородица», т.к. именно Бог родился от Девы как человек, а не соединился с родившимся от Неё человеком. Общий итог полемики был выражен в знаменитых «двенадцати анафематизмах» Кирилла, написанных в послании Несторию. Они стали знаменем в его борьбе с ним, хотя описанное в них учение якобы Нестория не соответствовало учению Феодора Мопсуестийского, отстаиваемому самим Несторием. Анафематизмы Кирилла были зачитаны на Эфесском соборе (431 г.), не признаваемом Вселенским собором в Ассирийской Церкви Востока, где Несторий был предан анафеме, а его учение осуждено, но освящены только на Пятом Вселенском соборе в 553 г.; раздельно заседавшая антиохийская делегация объявила еретиком его оппонента – Кирилла.