В публикациях марристов этого периода его всё чаще называют «великим» и «гениальным», он получает много почётных званий, вплоть до звания «почётного краснофлотца». Подчёркивалась роль Н.Я. Марра в разработке письменности для малых языков СССР (его универсальный «аналитический алфавит», разработанный ещё до революции и введённый в 1923 г. для абхазского языка, через несколько лет был отменён из-за практического неудобства), однако фактически вся работа по созданию письменности происходила без участия Н.Я. Марра и его ближайшего окружения. К 45-летию научной деятельности Марр был награждён орденом Ленина (1933 г.). Этот юбилей прошёл без самого Н.Я. Марра: в октябре 1933 г. он перенёс инсульт, прожил после него ещё год, но к работе не возвращался. По случаю смерти и похорон Марра в Ленинграде были отменены занятия в школах, а траурные мероприятия были сопоставимы с происходившими в честь убитого незадолго до этого Сергея Мироновича Кирова (1886–1934 гг.). В рекордные сроки, уже на другой день после кончины Н.Я. Марра, была отпечатана брошюра его памяти. Похоронен на Коммунистической площадке (ныне Казачьем кладбище) Александро-Невской лавры. После смерти Н.Я. Марра его ученики (прежде всего, Иван Иванович Мещанинов; 1883–1967 гг.), фактически отбросив ненаучное «новое учение», в ключе нормальной науки решали многие задачи, поставленные Марром (типология, исследование синтаксиса, проблема «язык и мышление» и др.). Спустя 15 лет после смерти Н.Я. Марра, 20 июня 1950 г., его учение было развенчано с выходом работы некогда поддерживавшего его Сталина «Марксизм и вопросы языкознания», а сам он подвергнут официальной критике за «идеализм» в языкознании. В частности, Сталин утверждал, что «Н.Я. Марр действительно хотел быть и старался быть марксистом, но он не сумел стать марксистом». После 1956 г. стало возможным вновь говорить об определённых заслугах Н.Я. Марра как лингвиста (или, по крайней мере, автора, умевшего интуитивно поставить плодотворные лингвистические проблемы, но не умевшего их решать), стимулировавшего развитие в СССР некоторых дисциплин (типологии, семантики), были переизданы некоторые его работы по кавказоведению и баскскому языку, но в целом общепризнано, что деятельность Марра (точнее, официальная поддержка её в СССР) сказалась на лингвистике отрицательно. С именем Н.Я. Марра связано введение в русскоязычной лингвистике так называемых марровских кавычек (‘’), которыми обозначается значение слова (например, «французское cheval ‘лошадь’»). Могила Н.Я. Марра, лингвиста и археолога (набережная реки Монастырки, Александро-Невская лавра, Коммунистическая площадка, северо-западная граница кладбища) – памятник истории местного значения. Его именем названы улицы в столице Грузии Тбилиси (Нико Мари) и в Сухуми.