Однако после его смерти связи Антиохийской церкви с Россией снова почти прекратились. Причиной тому стали как внутренние неурядицы на Востоке, так и русско-турецкие войны. Со времён Крестовых походов в Сирии начали действовать католические миссионеры. Активное проникновение Рима в Восточное Средиземноморье возобновилось в эпоху Контрреформации (конец XVI в.): папство стремилось компенсировать утрату позиций в Северной Европе расширением своего влияния на Восток. С 1625 г. в нескольких городах Сирии начали действовать латинские миссии, опиравшиеся на поддержку ливанских эмиров и маронитской общины, традиционно ориентировавшейся на Европу. Основным местом распространения католической пропаганды стали прибрежные сирийские города и Халеб – центры трансконтинентальной торговли, христианское население которых было издавна связано с европейскими торговыми компаниями и жило бок о бок с крупными колониями итальянских и французских купцов. Христианский торгово-промышленный «средний класс» Леванта для успеха своей предпринимательской деятельности был заинтересован в поддержке западных консулов, а за такое покровительство надо было платить переходом в унию. С ростом могущества западноевропейских держав в XVII в. Антиохийские патриархи всё чаще стали обращаться на Запад за финансовой помощью. По данным западных источников, некоторые Антиохийские патриархи XVII в. поддерживали дружественные связи с католическим миром. В 1631 г. патриарх Игнатий III Атыйя (1619–1633 гг.) формально признал главенство Римского престола. Как и его предшественники, Макарий III был в близких отношениях с Римским папой, не препятствовал деятельности западных миссионеров среди своей паствы, в самой Антиохии беспрепятственно вели проповедь католические миссионеры. В 1662 г. он отправил признание своего тайного подчинения Риму, а в 1663 г. публично приветствовал папу как своего святого отца на обеде во французском консульстве Дамаска. Патриарх Макарий III считается самым выдающимся из учеников Мелетия Карамы.  Не имея систематического образования, он, тем не менее, понимал важность просвещения своих единоверцев и ознакомления их с поздневизантийским культурным наследием. Макарий  III является автором 15 сочинений. Большинство его произведений (и других литераторов его круга) представляют собой изложенные по-арабски фрагменты из греческой исторической, географической и прочей литературы. Наибольшую ценность представляют оригинальные сочинения патриарха – описание Грузии (где он побывал в 1664–1666 и 1668–1669 гг.) и труды по церковной истории; вершиной арабо-православной культуры XVII в. стали труды его сына, архидиакона Павла Алеппского. Они возродили у православных арабов историографическую традицию, создав цикл трудов по истории Антиохийских патриархов от апостола Павла до современной им эпохи. Сочинения арабо-христианских авторов активно читались и переписывались на протяжении нескольких последующих поколений. Наряду с Макарием III и его сыном работали менее известные литераторы и переводчики. В таких епархиальных центрах, как Бейрут и Хомс, зарождалось собственное летописание.