У исследователей не вызывает сомнения и тот факт, что позиция Феодосия в вопросах веры была неустойчивой, поскольку реальная власть была не у него, а у епископов, которые боролись со своими врагами не только богословскими аргументами, но и возможностями светской власти.  Так, после Халкидонского собора император Маркиан издал строгие законы относительно монофизитов. Приказано было всем принимать учение, определённое Собором: монофизитов ссылать в заточение или изгонять, сочинения их сжигать, а за их распространение – казнить. Диоскор и Евтихий были сосланы в отдалённые провинции. Однако позиции монофизитов оставались очень сильными, особенно в Египте, где местные христиане восприняли вероисповедание Халкидонского собора как восстановление несторианства. Православный патриарх Протерий (451–457 гг.), поставленный на место низложенного Диоскора, не пользовался в Александрии никаким влиянием и был изгнан народом. Большинство египетских христиан отказалось от общения с ним, а в 457 г. во время нового мятежа он был убит. На его место монофизиты возвели Тимофея II Элура, (т.е. Тимофея Кошку; 457–460, 475–477 гг.), который низложил всех епископов, принимавших Халкидонское вероисповедание. Но светские власти безуспешно пытались бороться с влиянием еретиков. Император Лев I Великий сделал запрос всем епископам и архимандритам империи: следует ли стоять на решениях Халкидонского собора и не возможно ли соглашение с монофизитами. Однако под давлением епископов в 460 г. он низложил Элура и послал на его место умеренного и миролюбивого Тимофея III Салофакиола (т.е. Тимофея Шаткая Шапка; 460–475, 477–482 гг.). Александрийцы приняли его, но не приняли православия.  Очень многочисленными были монофизиты в Антиохии, а в Палестине вернувшийся из Халкидона монах Феодосий (452–453 гг.) поднял народное восстание в пользу осуждённой ереси. Иерусалим был взят и разграблен мятежниками, а после восстановления порядка войсками Феодосий бежал на Синай, откуда продолжал действовать в пользу монофизитства. В Сирии между тем глава монофизитов Пётр II Кнафей (Суконщик) завладел патриаршим престолом, выставил слова как девиз истинной веры «Бог был распят» и прибавил к гимну «Святый Боже, Святый крепкий, Святый бессмертный» слова «распятый за нас». Сторонником монофизитства оказался император-узурпатор Василиск, заставивший 500 епископов подписать окружное послание, в котором отвергался Халкидонский собор. Папа Римский Феликс III (483–492 гг.), осудив генотикон, отлучил вместе с тем от церкви и благоприятствовавшего ему Константинопольского патриарха Акакия (471–488 гг.), а последующие патриархи, соглашаясь на осуждение генотикона, не желали по требованию папы исключить имя их предшественника из церковных диптихов (поминаний). Это разделение, называемое у западных писателей «схизмой Акакия», продолжалось 35 лет, до времени императора Юстина I (518–527 гг.) и папы Гормизда (514–523 гг.). Но отделение Египта, где проживали в основном приверженцы монофизитства, продолжалось и спустя сто лет, а его оккупация арабами была встречена монофизитами как освобождение.