Преемники папы Гонория, у которых нашёл убежище Максим Исповедник, решительно ополчились против монофелитства и узаконивших его указов. Чтобы пресечь надвигающуюся смуту, Констант II в 648 г. издаёт «Типос о вере», где требует прекращения споров об одной и о двух волях и энергиях, но в 649 г. папа Мартин I (649–653 гг.) на Латеранском соборе подверг его осуждению. Обвинённый в государственной измене, папа был схвачен, привезён в Константинополь, осуждён за нелояльность, а после жестокого тюремного заключения умер в изгнании в 655 г. Та же участь постигла Максима Исповедника и его учеников. Но поскольку Констант II часто и подолгу жил на Западе, то противодействие Рима на время было погашено. Однако эти гонения только укрепили православную партию, которая окончательно восторжествовала при императоре Константине IV Погонате (668–685 гг.). Император отправил папе Домну (676–678 гг.) просьбу прислать на Восток уполномоченных для обсуждения спорных вопросов, но Домн умер, а его преемник Агафон (678–681 гг.) медлил с ответом, желая сначала заручиться поддержкой западного епископата. Всюду собирались Соборы. В Рим в 680 г. съехалось 125 епископов. От их лица на Восток были отправлены депутаты с посланием, составленном в самоуверенном и властном тоне (с отрицательным отношением к монофелитству). Ссорившийся с Римом Константинопольский патриарх Феодор I (677–679, 686–687 гг.) в 679 г. был удалён, и римские послы приняты с почётом. Император, отправляя письмо Домну, не думал созывать Вселенского собора, которому, на его взгляд, не благоприятствовало время, но после прибытия депутатов Запада патриарх получил приказание созвать епископов, и 7 ноября 680 г. в Константинополе открылся Собор, который вошёл в историю под названием Шестого Вселенского (680–681 гг.). На Соборе многое, задевавшее честь римского престола, обходилось молчанием. Монофелитство энергично отстаивал только Антиохийский патриарх Макарий (около 655 – 681 гг.) с монахом Стефаном. В последнем заседании было зачитано определение, где заявлялось, что Собор «с распростёртыми объятьями принимает представление святейшего и блаженного папы древнего Рима» к императору, а также «принимает с сочувствием соборное представление 125 боголюбезных епископов» и «проповедует два естественные хотения или воли не противоположные» и «два естественные действия». Тем самым монофелитство было осуждено как ересь и определено, что во Христе должно исповедовать две естественные энергии и две естественные воли, из которых человеческая в совершенном согласии следует или подчиняется божеской, но не уничтожается ей. Почти целиком было повторено и Халкидонское определение. Торжество Рима было гораздо более полное, чем в 451 г. Анафеме были преданы Феодор Фаранский, Сергий и Павел, Пирр, Кир, Гонорий. Макарий, Стефан и «старец с детским и сумасбродным умом» Полихроний, который перед Собором хотел воскресить мертвеца в доказательство истинности монофелитства. После Собора влияние монофелитства хотя и стало падать, хотя ещё долго давало о себе знать, поскольку это было попыткой найти компромисс между монофизитством, церковной ортодоксией и византийской императорской властью. В 711 г. на византийский престол вступил Филиппик Вардан (711–713 гг.), родом армянин, ученик Стефана, который для примирения соотечественников с империей в 712 г. издал указ, где отменялся Шестой Вселенский собор. Под ним подписались Константинопольский патриарх Иоанн VI (712–715 гг.) и другие иерархи, в том числе Герман, впоследствии Константинопольский патриарх (715–730 гг.) и борец за иконы. Споры о единой воле были задавлены спорами об иконах (см. Иконоборчество). В начале VIII в. из монофелитства выделилось направление маронитов, которые лишь в XVI в. присоединились к католицизму (см. Докетизм, Секты монофизитские).