Но могущественное положение нищенствующих орденов вскоре привело к тем отрицательным последствиям, какие испытывал каждый орден, принимавший большое участие в делах «мира» и пользовавшийся широкой популярностью: они скоро стали обходить обет нестяжания, допуская общественную собственность. Особенно удалились в этом отношении от первоначального идеала доминиканцы, в 1425 г. de jure освобождённые папой от обета нестяжания, которого давно не соблюдали на практике. В среде францисканства возникло течение, стремившееся сохранить во всей неприкосновенности заветы основателя ордена. Его представителям пришлось выступить не только против членов ордена, склонных к смягчению первоначальной строгости устава, но и против самого папства, поддерживавшего «умеренную» партию; между так называемыми spirituals и папством началась продолжительная борьба. Уступка, сделанная папой Целестином V (июль–декабрь 1294 г.), устроившим из них орден целестинцев, скоро была взята назад, орден был уничтожен Бонифацием VIII (1295–1303 гг.), и затем сохранившиеся последователи спиритуалов, образовавшие новые общества (например, так называемые fratricelli) или примкнувшие к прежде существовавшим (например, к бегардам), подвергались жестокому преследованию как еретики (папство объявило ересью учение францисканцев о бедности Иисуса Христа и апостолов) и даже запечатлевали свою проповедь смертью на костре. Францисканцы этого направления естественно сближались с врагами папства, с императорской партией (Уильям Оккам) и являлись учёными защитниками теории гибеллинов. В конце концов, и среди францисканцев, не выступавших так резко против папства и разбившихся на множество ветвей, церковь должна была признать (наряду с направлением, допускавшим многочисленные смягчения в первоначальном уставе) и более строгие направления (каковы обсерванты, минимы, капуцины и реколлекты). Всё это не могло, однако, вдохнуть новую жизнь в церковь, упорно идущую по старому пути. Предотвратить надвигавшийся кризис не по силам было и многочисленным вновь возникшим в XIV, XV и начале XVI вв. орденам, из которых ни один не приобрёл широкого влияния. К ним исследователи относят: 1) оливетанцев, стремившихся применять во всей строгости бенедиктинский устав (основаны в 1313 г. в Италии), 2) келлитов – орден, посвящённый, главным образом, делам христианского милосердия (основан в первой половине XIV в.), 3) иезуатов, 4) женский орден св. Бригитты, 5) иеронимитов, 6) братьев общинной жизни или гергардинистов, 7) варнавитов и 8) театинцев. Эти ордены (кроме, отчасти, братьев общинной жизни) не вносили новых начал в монашество, а между тем события XVI в. создали для католицизма такие условия, когда в таких началах и в новых силах была особая нужда. В 1525 г. основывается новая конгрегация францисканцев – капуцины, ставшие потом самостоятельным орденом, затем кармелитки св. Терезы, фельяны как результат реформы французских цистерианцев. Особое значение приобретают новообразования эпохи католической Контрреформации: основанные в 1524 г. театинцы и ещё больше иезуиты. В XVI–XVII вв. как результат всё того же религиозного подъёма возникает целый ряд новых конгрегаций и орденов – урсулинки (1535 г.), пиаристы (1600 г.), лазаристы (1681 г.), ораторианцы, трапписты и многие другие. Однако Реформация подорвала и уничтожила целый ряд прежде цветущих организаций; к тому же вели и меры отдельных правительств. Реформация, уничтожив господство римского престола в половине Западной Европы, лишила монашество громадного числа монастырей и земель. В северной Германии, Голландии, Швейцарии, Скандинавии, Дании и Англии упразднённые монастыри, имущество которых было конфисковано или обращено на общегосударственные потребности, или было потрачено на учебные и благотворительные учреждения, считались десятками и сотнями (в Англии в эпоху Генриха VIII их было уничтожено 616). Наряду с этим ударом монашеству грозил другой, не менее опасный.