В 653 г. новый император Констанс II (641–668 гг.) велел заключить папу Мартина и Максима Исповедника под стражу и доставить их в Константинополь. С этого времени началась пора мученических подвигов Максима Исповедника. Босой, без одежды, со скованными руками он был с позором проведён по улицам Константинополя и затем заключён в темнице. На суде его обвинили не только в церковном расколе, но и в том, что, будучи в Африке, он способствовал передаче тамошних провинций под власть мусульман. «Какое дело мне, иноку, – отвечал Максим, – до завоевателей городов, и мог ли я, как христианин, иметь общение с сарацинами?» Судьи вызвали нескольких лжесвидетелей, Максим легко развеял их клевету, но не добился тем облегчения участи ни для себя, ни для своих соратников. Папу Мартина вскоре сослали в Херсонес, где он и умер от голода. Участь Максима была ещё печальнее, т.к. враги во что бы то ни стало хотели добиться его публичного раскаяния. Высланный вначале в городок Визию во Фракии, он в 655 г. был переведён в монастырь св. Феодора в Константинополе. Максиму Исповеднику вернули книги, вещи, дали возможность пожить в хороших условиях, а потом стали добиваться от него если и не отказа от своей веры, то, по крайней мере, молчания. Просили его оставить обсуждение спорных вопросов и не поднимать свой голос против императора, но Максим отказался. Его спрашивали, почему он не хочет иметь общения с константинопольским престолом, Максим отвечал, что когда он увидит Константинопольскую церковь прежней, очищенной от ереси, тогда он с радостью обратится к ней и будет её сыном. Как и раньше, ему указали на то, что новое исповедание веры не является волей одного императора, но принято на Соборах епископов. Максим возразил, что, напротив, исповедание это было осуждено Римским собором. «Не имеет значения этот Собор, – говорили ему, – потому что он был созван без императорского повеления». Максим отвечал: «Если утверждаются только постановления Соборов, созванных по царскому повелению, то не может быть православной веры». Ему указывали на неполитичность его поведения, поскольку в тот момент, когда империи грозит нашествие мусульман, он воздвигает церковный раскол, сеет смуты и волнения. Затем передали Максиму уже не приказ, но просьбу императора вступить с ним в церковное общение. Когда Максим отказал и в этой просьбе, к нему стали подступать уже с гневом и яростью, обращаться грубо, и после многих побоев и унижений вновь отправили в ссылку в Перверу, где он пробыл пять лет в тяжёлом заключении. В 660 г. Максима Исповедника вновь привезли в Константинополь и стали добиваться того же. «Не огорчай императора, – говорили ему, – который ради мира церкви повелевает молчать о вещах, которые порождают разногласие». «Я не могу прогневить Бога, – возражал Максим, – умалчивая о том, что Он повелевает признавать и проповедовать». Видя, что Максим продолжает твёрдо держаться своих убеждений, судьи приказали жестоко бичевать его острыми воловьими жилами. Не добившись ничего, палачи, вытянув язык преподобного, отрезали его у самой гортани. Спустя некоторое время была отрезана у него и правая рука. Затем его сослали на Кавказ, в Аланию, и заключили в темницу в городе Шемари, где Максим, терпя постоянную нужду в самом необходимом, прожил ещё три года. В 680–681 гг. в Константинополе состоялся Шестой Вселенский собор по инициативе императора Константина IV Погоната (в переводе с греч. «погонат» – «бородатый»), который положил конец монофелитской ереси, признав православное учение о двух волях Христа, буквально повторявшее учение Максима Исповедника. Константин IV Погонат (668–685 гг.) после вступления на престол отправил к папе Домну (676–678 гг.) просьбу прислать на Восток уполномоченных для обсуждения спорных вопросов. Но Домн умер, а его преемник Агафон (678–681 гг.) медлил с ответом, желая сначала заручиться поддержкой западного епископата.