12 августа 1931 г. в газете «Правда» появилась большая статья «О “Верушке босоножке” и о классовой близорукости газеты “Колхозный клич”», в которой выражалась крайнее недовольство тем, что власти района не могут справиться с монахиней. Называя её «авантюристкой» и «бывшей помещицей», главная газета страны требовала привлечения её «к ответственности за контрреволюционную агитацию» (статья в «Правде» появилась уже после ареста Меркуловой В.А.). Одновременно с кампанией в прессе, в июне-июле 1931 г., по Молвитинскому району прошли организованные властями собрания колхозников и единоличников, посвящённые вопросу о выселении Меркуловой В.А. из района. В большинстве случаев собрания принимали навязанные им резолюции, но в ряде мест люди не поддались давлению властей. 13 июля 1931 г. Меркулова В.А. и четыре жившие с ней монахини Свято-Троицкого монастыря были арестованы и доставлены в Молвитинский райотдел ОГПУ, затем переправлены в Кострому. 2 октября особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило Меркулову В.А. к трём годам заключения (другие арестованные монахини были приговорены к трёхгодичной ссылке в разные места). Меркулова В.А. отбывала заключение в суздальском политизоляторе, располагавшемся в зданиях Евфимиева суздальского монастыря. По состоянию здоровья Меркулову В.А. освободили в конце февраля 1934 г. 10 марта она вернулась в Сумароково и поселилась в сторожке при Никольской церкви, в которой вновь с её приездом богослужения стали совершаться ежедневно. По данным ОГПУ, до приезда Меркуловой В.А. богослужения в церкви посещало 30–50 человек, после её приезда число богомольцев возросло до 400–500 человек, вновь из многих районов к Меркуловой В.А. началось массовое паломничество. Уже через несколько дней после приезда подвижницы в колхозах по требованию властей стали проводиться собрания с требованиями выселения её из района (многие колхозники на собраниях высказывались против этой меры). 20 марта президиум Молвитинского райисполкома вынес постановление, в котором обвинял религиозную общину Сумарокова в нарушении законодательства о культах, выразившемся в том, что община разрешила Меркуловой В.А. поселиться в сторожке при церкви, и предписал выселить монахиню из сторожки. 20 апреля 1934 г. с Меркуловой В.А. взяли подписку о невыезде, ОГПУ завело на неё новое следственное дело. В июне её несколько раз привозили на допросы в райотдел ОГПУ в Молвитино. Вскоре дело было направлено в областное управление НКВД в Иваново. 14 августа 1934 г. Управление, заключив, что «виновность Меркуловой в контрреволюционной деятельности хотя и установлена, но имея в виду, что она является инвалидкой..., предание её суду является нецелесообразным», постановило дело прекратить и подписку о невыезде с Меркуловой В.А. снять. В 1934 г. деятельность Меркуловой В.А. была, как никогда в послереволюционное время, активной. По данным следствия 1935 г., она принимала в сутки до 100 человек, приезжавших из Ивановской, Московской, Ленинградской областей, из Северного и Горьковского краёв, среди которых было много тяжелобольных.