19 апреля 1921 г. Меркулову В.А. переселили в существовавший при доме престарелых дом инвалидов, куда доступ был почти невозможен. На следующий день шесть сестёр обители, работавших в совхозе, потребовали вернуть Меркулову В.А. на её прежнее место жительства; получив отказ, сёстры в знак протеста отказались выйти на работу. Монахини и Меркулова В.А. были арестованы, отправлены в Галич, 23 апреля всех освободили под подписку о невыезде. Поскольку инокиням не разрешили вернуться в Сумароково, они поселились вблизи Свято-Троицкого монастыря в селе Высокове (в этом селе во время Первой мировой войны при помощи Меркуловой В.А. взамен сгоревшей была построена новая деревянная церковь во имя архангела Михаила). 28 мая 1921 г. в Сумароково для закрытия монастырского собора в честь иконы Божьей Матери «Скоропослушница» и окончательной ликвидации монастыря прибыла из Костромы комиссия губисполкома. По призыву Меркуловой В.А. на защиту собора собралось множество крестьян, при их поддержке сёстры отказались отдать комиссии ключи от храма. 6 июня Меркулова В.А. была арестована в Высокове, согласно милицейскому донесению, для защиты подвижницы собралась «громадная толпа населения нескольких волостей». Меркулова В.А. была отправлена в город Буй в сопровождении отряда милиции «под контролем представителей села». По мнению исследователей, власти были напуганы числом людей, вставших на защиту Меркуловой В.А., и вопреки предписанию из Костромы в Буе она была в тот же день освобождена под подписку о невыезде, затем вернулась в Высоково. Однако уже 11 июня Меркулова В.А. была вновь арестована, препровождена в Костромской исправдом. 9 июля 1921 г. её привезли в Москву и поместили в бутырскую тюремную больницу, 2 декабря перевели в лефортовскую тюремную больницу. 11 июня 1921 г. группа крестьян сёл Высоково и Косинское обратилась в Губчека с просьбой об освобождении Меркуловой В.А. и о выдаче её на поруки. 24 октября 1921 г. крестьяне этих же селений на общем собрании единогласно приняли обращение во ВЦИК, в котором просили освободить Меркулову В.А. из заключения и разрешить ей проживание в Высокове. 13 декабря 1921 г. Президиум ВЧК постановил выслать Меркулову В.А. «после излечения» на жительство в Туркестан. В конце декабря в защиту Меркуловой В.А. вступился Московский комитет Политического Красного Креста. 23 января 1923 г. ВЦИК принял постановление об освобождении Меркуловой В.А. из-под стражи без права выезда из Москвы, 25 января Коллегия ГПУ постановила освободить её. Выйдя из лефортовской больницы, Меркулова В.А. поселилась в ещё действовавшем московском во имя Алексия, человека Божия, женском монастыре. Вскоре ей разрешили уехать из Москвы с запретом проживания в Сумарокове. В конце июля 1923 г. Меркулова В.А. приехала в Галич, поселилась у В.А. Зелениной, сразу же завоевала любовь и почитание горожан. Среди посещавших Меркулову В.А. были даже ответственные советские работники, о чём с гневом писала в статье «Поклонники юродивых» уездная газета «Плуг и молот» (1923 г. 3 августа).