Руководил изданием таких капитальных публикаций документов как «Сборник грамот бывшей Коллегии Экономии» и «Памятники Русского законодательства». В 1890–1895 гг. – секретарь, с 1903 г. – председатель секции русской истории Исторического общества Санкт-Петербургского университета. С 1894 г. – член Археологической комиссии, почётный член Витебской учёной архивной комиссии. Автор трудов по социально-экономической, политической и культурной истории России XV–XVIII вв., методологии истории, источниковедению, истории науки. Кроме магистерской диссертации, его основными работами по отечественной истории являются: «Разыскания по истории прикрепления крестьян в Московском государстве XVI–XVII веков»; «Очерк истории образования главнейших разрядов крестьянского населения в России»; «Императрица Екатерина II. Очерк внутренней политики»; «Русские промышленные и торговые кампании в первой половине XVIII века»; «Служилые кабалы позднейшего типа»; «Екатерина II и крестьянский вопрос»; «Собрание и свод законов Российской империи, составленные в царствование императрицы Екатерины II»; «Идея государства и главнейшие моменты её развития в России со времени Смуты и до эпохи преобразований»; «Очерк развития русской историографии»; «История русской общественной мысли и культуры XVII–XVIII вв.». Академик Лаппо-Данилевский занимался разработкой принципов научного гуманитарного исследования, был сторонником рациональности гуманитарного знания. Теоретические взгляды учёного претерпели эволюцию: первоначально он придерживался позитивистской методологии, затем большое влияние на его творчество оказала философия баденской школы неокантианства. В труде «Методология истории» он предложил следующую её структуру как особой дисциплины: 1) Теория исторического знания (занимающаяся установлением исходных принципов исторического познания). 2) Методы исторического изучения. 2.1) Методология источниковедения. 2.2) Методология исторического построения. В рамках методологии источниковедения «воссоздавал» источник в культурно-историческом контексте соответствующей эпохи. Методология исторического построения, по его мнению, решала задачу целостной реконструкции эпохи, о которой «рассказывает» источник. С 1915 г. – член Русского исторического общества, в 1916 г. стал одним из учредителей и председателем Русского социологического общества. С 1917 г. – председатель Союза российских архивных деятелей, был сторонником масштабного реформирования архивного дела. Член Международного союза академий, председатель отдела культурных связей Русско-Английского общества. Был председателем исполнительного комитета по организации Международного исторического съезда в Петрограде в 1918 г., не состоявшегося из-за гражданской войны. Придерживался либеральных политических взглядов. В 1905 г., вместе с академиком Алексеем Александровичем Шахматовым (1864–1920 гг.) составил записку «О свободе печати», принятую общим собранием Академии наук 12 марта 1905 г. В 1906 г. был избран членом Государственного совета от Академии наук и университетов, принадлежал к левой группе членов совета, был близок к конституционным демократам. В том же году отказался от этой должности. В 1917 г. был членом комиссии по выработке избирательного закона в Учредительное собрание. Большевистскую революцию и гражданскую войну воспринял крайне тяжело. Кончина произошла по нелепому случаю. По пути на лекцию в университет учёный упал и повредил ногу. С травмой оказался в больнице. После операции умер от заражения крови.