Патронатство приобреталось бесплатной уступкой земли под постройку церкви (а также необходимых при ней зданий), или сооружением самой церкви на свои средства; построением пасторского дома и снабжением пастора достаточными средствами в виде земельных угодий или денежных сумм, и возобновлением разрушившейся церкви. Приобретённое одним из этих способов право патронатства утверждалось императором. Было наследственное патронатство, сохраняемое в роду патрона, и патронатство, переходящее вместе с имением. Когда прихожане не сами избирали пастора, он был обязан произнести в их присутствии пробную проповедь, после которой приход мог опротестовать его избрание в консисторию. При церквах существовали попечительства и старосты. Попечительства содействовали пастору в надзоре за обучением юношества, в утверждении добрых нравов между прихожанами, в соблюдении порядка при богослужении, в помощи больным и бедным и т.д. Они наблюдали вместе с пастором за церковными старостами из поселян, которые, в свою очередь, наблюдали за образом жизни прихожан из низших сословий, а также за сельскими учителями. Попечители и старосты вместе заведовали хозяйством церкви и созывали собрания прихожан для рассуждения о нуждах церкви и прихода. Попечители и старосты избирались на три года собранием прихожан, имевших недвижимую собственность; попечители утверждались в должности главным церковным попечительством, старосты – пастором; часто пастор прихода по самому своему званию входил в состав попечительства. При городских церквах обычно состояло от четырёх до двенадцати приходских попечителей, образующих приходский совет, или конвент. В конце года совет давал отчёт в своей деятельности перед общим собранием прихожан, а выписку из этого отчёта представлял в генеральную консисторию. В каждом консисториальном округе существовало «главное церковное попечительство», состоявшее из председателя и двух членов (светского и духовного), для контроля над действиями приходских советов, конвентов и попечительств. Высшим блюстителем порядка и дисциплины во внутренних делах евангелическо-лютеранской церкви в России был император, на усмотрение которого представлялись все постановления генерального синода о состоянии и потребностях лютеранских церквей в империи, а также о переменах в устройстве богослужения. На его утверждение направлялись приговоры о снятии сана с пасторов и дела об отступлениях от лютеранского учения. Пасторы и чины консистории при вступлении в должность приносили присягу на верность императору. Богослужение и проповедь регулировались правилами, утверждаемыми правительством. Особое положение в церковно-административном отношении занимали в России лютеране немецких колоний в Грузии, известные на официальном языке под именем «сепаратистов». Они управлялись обер-пастором, избираемым из числа местных пасторов, имели право для обсуждения своих церковных дел созывать синод из своего духовенства и выборных представителей, но стояли вне консисториальных округов и подчинялись (как и аугсбургская церковь) не генеральной консистории, а непосредственно департаменту духовных дел иностранных исповеданий. Положение мало изменилось и после 1905 г., когда, несмотря на объявленную свободу вероисповедания, браки лютеран с православными по-прежнему венчали в православных церквах, а попытки лютеранской миссии среди православных пресекались.