Церковь во имя Николая Чудотворца (Николы на Липне) заложена в 1292 г. на месте, где, по преданию, был обретён чудотворный образ святителя Николая на круглой доске. Хотя активное строительство в Новгороде во второй половине XIII в. не велось, творческая мысль зодчих нашла выражение в новом архитектурном облике церкви святителя Николая. Во многом он повторяет объёмно-пространственное решение церкви Рождества Пресвятой Богородицы в Перыни (Перынском скиту, 1230–1240 гг.). Исследователи  отмечают, что квадратный в плане четырёхстолпный одноглавый одноапсидный храм с трёхлопастным завершением фасадов отличается выразительным и лаконичным силуэтом. Его компактный объём с пониженной алтарной апсидой получил подчёркнутую вертикальную организацию. На пересечении приподнятых центральных сводов возносится глава на стройном барабане. По углам фасады здания закреплены лопатками, от которых под лопастями кровли пробегает фриз из арочек – мотив, в различных вариациях распространённый в храмовой архитектуре XI–XIII вв. по всему европейскому миру. Аркатурный пояс наряду с полукруглыми «бровками» над окнами украшает и барабан купола. Остальные части фасадов практически лишены декора: их оживляют только ниши с полукруглыми завершениями и несколько вмонтированных в кладку небольших каменных крестов. Окна на фасадах размещены по единой схеме: в среднем ярусе в центральной части каждого фасада (кроме восточного) находятся по два окна, над ними в люнете – одно. Такое расположение окон скоординировано с трёхлопастным завершением храма и приводит к созданию крестообразной системы освещения в интерьере. Форма основных окон однотипная – двухуступчатые арочные ниши; наряду с ними использованы необычные миниатюрные окна крестообразной формы, которые освещают камеру на хорах в юго-западном углу храма, а также несколько крестообразных ниш, расположенных на южном, восточном и северном фасадах. Своеобразна строительная техника: стены храма сложены из камня, большемерного брускового и лекального кирпича на известково-песчаном растворе. В основном объёме чётко прочитывается пространственный крест, вычленяемый четырьмя подкупольными столбами и примыкающими к ним в верхней части стенами угловых компартиментов. Столбы, крещатые в верхней части, в нижней имеют разное сечение: восточные – прямоугольное, западные – восьмигранное. В западной части храма расположены хоры в виде деревянного настила между двумя небольшими угловыми палатками. Сюда ведёт деревянная лестница, устроенная в юго-западном компартименте. Угловые помещения на хорах перекрыты необычными для Новгорода, но типичными для романского зодчества четырёхгранными шатровыми сводами. Северо-западная палатка имеет с востока нишу с едва просматриваемым изображением процветшего креста. Исследователи полагают, что именно здесь размещался некогда придел во имя папы Римского Климента, упоминаемый в документах XVI в. Помещения по сторонам алтаря, жертвенник и диаконник, представляют собой ещё более узкие, мало освещённые, вытянутые по вертикали пространства, перекрытые полукоробовыми сводами. Храм серьёзно пострадал в годы Великой Отечественной войны. В 1950 гг. был реставрирован по проекту Петра Николаевича. Максимова под руководством Любови Митрофановны Шуляк.