В 354, 359, около 368 и в 404–406 гг. Ликаонии пострадала от набегов исавров, в 452 г. и в конце VI в. в Ликаонии из-за засухи население страдало от голода, в 542 г. свирепствовала эпидемия бубонной чумы. Для защиты Памфилии, Писидии и Ликаонии от исавров император Лев I (457–474 гг.) назначил военного комита, а император Юстиниан I в 553 г. – дукса (единого военного командующего для Фригии, Лидии, Писидии и Ликаонии). Тем не менее, до начала VII в. Ликаония и её церковь развивались преимущественно в мирных условиях. Положение осложнилось в эпоху «тёмных веков» (VII–VIII вв.). В 626 г. через Ликаонию на Константинополь прошли персидские войска. После первых арабских вторжений (в 644 и 655 гг.), во второй половине VII в. (до 669 г.), большая часть территории Ликаонии была включена в византийскую фему (военный округ) Анатолик, меньшая (вместе с Галатией) – в фему Опсикий. Поскольку центр фемы Анатолик находился в Амории, Ликаония снова потеряла самостоятельность. С этого времени на более чем двести лет Ликаония стала одной из приграничных областей Византии и постоянно находилась под угрозой вражеских нападений. В VIII в. арабские вторжения в Ликаонию повторяются регулярно: в 712 г. – захват Мисфии, в 723 г. – осада Икония, в 732, 740, 770 гг. – взятие Лаодикии, в 793 и 805 гг. – взятие Фивасы. Сохранившееся по-славянски неизданное описание чуда великомученицы Параскевы, как полагают исследователи, связано с осадой Икония в 723 г. В нём рассказано, как захвативший город арабский полководец хотел увезти раку святой, но отдал её в обмен на золото (его количество равнялось весу раки). История известна исследователям в трёх редакциях: первая – Исторический музей, XV в., Ликаонии  Российская национальная библиотека, XVII в.; вторая – Российская национальная библиотека, XV–XVI вв.; третья – Российская национальная библиотека, XVIII в. Ликаония оказалась также вовлечена в восстание Фомы Славянина (820–823 гг.), и даже после разгрома мятежника его приверженец Хирей удерживал крепость Кавалу и разорял её окрестности. Исследователям неизвестно, коснулись ли Ликаонии войны византийского императора Феофила с арабами в 837–838 гг. Арабские нападения продолжились с 878 г. (неудачные вторжение в Южную Ликаонию и осада Мисфии). В 888 г. эмир Тарса Язаман дошёл до крепости Эль-Масканин на озере Акгёль, а в 894 г. тарсский эмир по поручению египетских Тулунидов разорил окрестности Вараты. После реформы фем византийского императора Льва VI (886–912 гг.) часть Северной Ликаонии (вокруг Евдокиады) перешла в фему Каппадокия (в турму Коммата). К началу Х в. византийцы отодвинули фронт войны с арабами от Ликаонии на восток и юго-восток. Так, в 900 г. взятый в плен в Киликии тарсский эмир Абу Табит был доставлен в «крепость Икония» (Кавалу?), а оттуда в Константинополь. В 906–907 гг. Кавала стала пристанищем для мятежника Андроника Дуки, отряды которого осаждало царское войско. Однако Андронику удалось прорвать осаду и бежать к тарсскому эмиру, который в это же время сжёг Иконий. С этого времени арабы не нападали на Ликаонию до 963 г. (кроме, как полагают исследователи, похода в 931 г.), когда эмир Тарса вновь осаждал Иконий.