Среди помощников Леонтия (Лебединского) были иеромонах Филарет (Филаретов) и архимандрит Иоанникий (Руднев). В воспоминаниях Леонтий (Лебединский) пишет о дружбе с иеромонахом Филаретом (Филаретовым), о конфликтах с ректором архимандритом Антонием (Амфитеатровым), сочетавшим, по его мнению, аскетизм с чрезмерным «учёным самолюбием», и особенно с архимандритом Иоанникием (Рудневым), «ехидным и хитрым». Митрополита Филарета (Дроздова), напротив, называл «великим старцем». В 1854 г. Леонтий (Лебединский) осуществлял ревизию Воронежских духовной семинарии и духовного училища, Полтавского и Курского духовных училищ, посетил родную слободу; считался одним из самых снисходительных семинарских ревизоров. 30 мая 1856 г. по инициативе митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Никанора (Клементьевского) Леонтий (Лебединский) был назначен ректором Владимирской духовной семинарии, настоятелем переславль-залесского Данилова во имя Святой Троицы мужского монастыря. В июле того же года Леонтий (Лебединский) выехал из Киева, в Москве на Троицком подворье общался с Филаретом (Дроздовым), который предрёк ему «много хлопот» во Владимирской семинарии. Однако впоследствии Леонтий (Лебединский) благожелательно отзывался о недолгом периоде ректорства во Владимире, студентов называл способными и восприимчивыми; лишь «либеральные убеждения» Владимирского епископа Иустина (Михайлова), который иногда посещал экзамены, по мнению Леонтия (Лебединского), оказывали негативное влияние на учеников. 9 июня 1857 г. по инициативе Санкт-Петербургского митрополита Григория (Постникова) Леонтий (Лебединский) был назначен ректором Новгородской духовной семинарии и настоятелем новгородского монастыря Антония Римлянина. По инициативе Леонтия (Лебединского) инспектором семинарии стал вызванный из Санкт-Петербурга иеромонах Феогност (Лебедев). Леонтий (Лебединский) не допустил предполагавшегося перевода семинарии в город, считая, что пребывание учебного заведения в стенах Антониева монастыря способствует дисциплине и благочестию студентов. В 1859–1860 гг. по инициативе Леонтия (Лебединского) на средства столичных благотворителей в мастерской Фёдора Андреевича Верховцева была изготовлена новая рака для мощей преподобного Антония Римлянина. 17 мая 1859 г. Леонтий (Лебединский) стал ректором Санкт-Петербургской духовной  семинарии, 4 июня прибыл в столицу. Новым инспектором и преподавателем богословия он назначил архимандрита Иосифа (Баженова), который, впрочем, не оправдал его надежд по причине «либеральных взглядов». Леонтий (Лебединский) был также членом конференции Санкт-Петербургской духовной   академии и внешнего академического правления, редактором журнала «Духовная беседа». 19 ноября 1859 г. журнал указом Синода приобрёл официальный статус. 5 марта 1860 г. по утверждённому императором решению Синода Леонтий (Лебединский) был определён викарием Санкт-Петербургской епархии, 13 марта в столичном Исаакиевском соборе митрополитом Григорием (Постниковым) в сослужении Киевского и Галицкого митрополита Исидора (Никольского), Херсонского и Одесского епископа Димитрия (Муретова) и других архиереев хиротонисан во епископа Ревельского. При хиротонии присутствовали наследник цесаревич Николай Александрович (ум. в 1865 г.) и великие князья Александр Александрович (будущий император Александр III), Владимир и Алексей Александровичи. Но почти до Пасхи 1860 г. Леонтий (Лебединский) ещё жил в семинарии, исполнял обязанности её ректора и читал ученикам лекции по богословию.