Интересы Киевского митрополита представлял приехавший из Чигирина Савва (Попель), интересы волынской шляхты – О. Кисель. Униатский Холмский епископ Иаков Суша препятствовал возвращению храма, но после вмешательства коронного канцлера Николая Пражмовского 5 сентября 1659 г. храм был передан православнымф жителям Люблина. Затем последовало возвращение земли, занятой униатами и монахами соседнего августинского монастыря. В декабре 1659 г. король Ян II Казимир выдал Преображенской церкви грамоту на эти земли. Богослужебные книги для храма прислало Львовское братство. В 1664 и 1666 гг. послы правобережного гетманства добивались, чтобы решение о передаче православным храма в Люблине было подтверждено конституцией сейма. Успеха их выступления не имели, но, по мнению исследователей, способствовали тому, что 5 декабря 1669 г. новый король Михаил Корибут Вишневецкий подтвердил грамоту Яна II Казимира. При храме снова образовался православный монастырь (его игумены и монахи упоминаются в отрывках церковного помянника 1674–1703 гг.). К 1670 гг. условия функционирования и храма, и связанного с ним Люблинского братства серьёзно ухудшились. Правобережное Гетманство вступило в конфликт с Речью Посполитой, в 1676 г. перестало существовать и больше не могло защищать православных в Люблине. Правда, братство продолжало поддерживать связи с волынской шляхтой, в рядах которой число приверженцев православия, однако, уменьшалось, и она также не могла больше служить серьёзной защитой для православной церкви в Люблине и Люблинскому братству. В 1672–1676 гг. «старшие» братства жаловались на захваты церковных земель архидиаконом униатского Холмского епископа. Исследователи полагают, что важные сведения об условиях жизни православных в Люблине содержатся в записке, которую игумен люблинского Преображенского монастыря Иннокентий (Монастырский) подал русским властям в январе 1679 г. В Москву игумен прибыл как посланец митрополита Антония (Винницкого); исследователи полагают, что люблинская обитель (как и раньше) пыталась воспользоваться поддержкой Киевского митрополита. Иннокентий (Винницкий) сообщил, что православным священникам запрещено ходить к больным со Святыми Дарами, старцам запрещается выходить из монастыря. Работавших в поле четырёх монахов схватили, избили и заключили в тюрьму, их с трудом удалось освободить «по заступлению шляхты русской». В феврале 1681 г., как сообщил епископ Гедеон (Святополк-Четвертинский) архимандриту Киево-Печерского монастыря Иннокентию (Гизелю), в Люблине был убит священник, который шёл со Святыми Дарами к больному. В этой обстановке в 1695 г. произошло присоединение православных жителей Люблина к унии. В 1696 г. сообщается об убийстве Амвросия (Гирича), игумена Преображенского монастыря и главы Люблинского братства. После окончательной передачи Спасо-Преображенской церкви униатам православные примкнули к греческой общине при люблинской церкви Рождества Пресвятой Богородицы. Люблинское братство возобновлялось в 1882–1915 и 1925–1939 гг.