В конце 1880 – начале 1890 гг. Синод начал заменять на ключевых должностях в Люблинском викариатстве бывших униатов выходцами из России. Так, ректором Холмской духовной семинарии вместо уволенного в 1889 г. протоиерея Михаила Добрянского стал уроженец Орловской губернии архимандрит Гедеон (Покровский). 12 января 1892 г. он был хиротонисан во епископа Люблинского и вскоре стал активным проводником новой кадровой политики. Изменения коснулись, в первую очередь, духовного образования. Так, до 1890 г. местная церковная власть поощряла приём в Холмскую духовную семинарию жителей Галиции, отдавая среди них предпочтение выходцам из униатских духовных родов; получив в Холме образование, галичане часто становились на Холмщине священниками. Однако в начале 1890 гг. епископ Люблинский перестал принимать кандидатов на священство из Галиции. В 1894 г. епископ Гедеон (Покровский) благословил создать при Холмском братстве издательский комитет по выпуску миссионерских книг и брошюр на «народном малорусском языке». При нём активно проводилась начатая епископом Флавианом (Городецким) кампания по «очищению обряда», «искоренению униатских пережитков», которая реализовывалась поспешно, с использованием административных методов, что в ряде случаев приводило к переходу верующих в Римско-католическую церковь. 8 сентября 1894 г. массовое выступление прихожан против устранения элементов униатской обрядности произошло в посаде Кодень (ныне Бяльского повята Люблинского воеводства). 22 декабря 1896 г. епископ Гедеон (Покровский) был уволен на покой. Позднее Люблинскую кафедру занимали епископы Тихон (Беллавин; 19 октября 1897 г. – 14 сентября 1898 г.; впоследствии патриарх Московский и всея России), Герман (Иванов; 1 ноября 1898 г. – 5 декабря 1902 г.), Евлогий (Георгиевский; 12 января 1903 г. – 16 июня 1905 г.). В 1894 г., будучи ректором Холмской духовной семинарии, иеромонах Тихон (Беллавин) открыл при семинарии курсы по обличительному богословию. По его инициативе 24 ноября 1897 г. при Яблочинском во имя преподобного Онуфрия Великого мужском монастыре начала работу епархиальная школа псаломщиков, её задачей было повысить образовательный уровень местных клириков. За десять месяцев пребывания на Люблинской кафедре епископ Тихон (Беллавин) посетил 115 приходов, главным образом, в сёлах, где жили «упорствующие» униаты: в Холмском, Бельском, Седлецком, Красноставском, Замостском и Белгорайском уездах. Епископ Тихон (Беллавин) добивался открытия церковноприходских школ. Как председатель совета Холмского братства, инициировал издание типографией братства в 1897–1898 гг. миссионерских листков с обличением унии и католичества. Его преемник на кафедре, епископ Герман (Иванов), в 1900 г. создал в Холме епархиальное женское училище. В ноябре 1901 г. в одном из крупнейших центров «упорствующих» – городе Седлец (ныне Седльце) – епископ Герман (Иванов) открыл миссионерскую Свято-Леонтиевскую церковь-школу, учреждённую на средства седлецкого братства святого Леонтия Ростовского. 12 января 1903 г. во епископа Люблинского был хиротонисан ректор Холмской духовной семинарии (1897–1903 гг.) архимандрит Евлогий (Георгиевский), который также много внимания уделял миссионерской деятельности среди холмских униатов. В сентябре 1904 г. в здании Холмского братства при братской библиотеке была устроена народная читальня, имевшая миссионерскую направленность. В 1904–1905 гг. достраивалось новое здание братства на Даниловой горе в Холме.