В сентябре 1882 г. при холмском кафедральном соборе и Свято-Богородицком братстве епископ Модест (Стрельбицкий) основал Холмский братский церковно-археологический музей. В 1890 г. для братства, библиотеки и музея было построено новое здание. В октябре 1882 г. было восстановлено Люблинское братство при Преображенском храме в Люблине. В 1882 г. епископ Модест (Стрельбицкий) основал первый в Люблинской губернии мужской скит во имя Антония Печерского (с 1891 г. – монастырь, с 1898 г. – женская община, с 1901 г. – женский монастырь) в селе Радочница (ныне Радечница Замойского повята). 7 июня 1885 г. епископ Модест (Стрельбицкий) был назначен на Нижегородскую кафедру. 29 июня того же года на Люблинское викариатство был переведён Аксайский епископ Флавиан (Городецкий). При епископах Модесте (Стрельбицком) и Флавиане (Городецком) особое внимание уделялось изучению древностей и памятников православия Холмско-Подляшской Руси, сбору материалов для доказательства более древней, чем у католицизма, истории православия в регионе. По благословению епископа Модеста (Стрельбицкого) увидели свет посвящённые Холмщине выпуски «Памятников русской старины в западных губерниях», издан историко-краеведческий сборник «Холмская Русь», собирались материалы для историко-статистического описания церквей и приходов Холмщины и Подляшья. В епархиальных изданиях регулярно публиковались статьи по местной церковной истории, популяризировались местные традиции. В частности, известный церковно-общественный деятель Холмщины, делегат поместного Собора Российской Православной Церкви 1917–1918 гг., духовный композитор и драматург, преподаватель Варшавского и Холмского духовных училищ Емельян Михайлович Витошинский в своих публикациях настаивал на сохранении в храмах региона особого холмско-подляшского церковного распева, считая его одной из древнейших православных традиций края. Были отреставрированы древнейшие русские памятники края: Белавинская башня близ деревни Белавина Холмского уезда, Столпьевская башня на горе Щекавица близ села Столпье Холмского уезда, Преображенский храм в селе Спас Холмского уезда (ныне Подгуже Хелмского повята), Успенский храм в городе Щебрешине Замостского уезда, Свято-Духовский храм в посаде Кодень Бельского уезда. Было создано научное описание древнейшего рукописного памятника края – «Холмского Евангелия», приобретённого в 1821 г. Румянцевским музеем в Москве (ныне в Оотделе рукописей Российской государственной библиотеки; в 2015 г. его факсимильное издание вышло в Киеве). Во время научных экспедиций в приходы и монастыри члены Холмского братства обнаружили и доставили в братский музей многочисленные рукописные богослужебные книги, а также документы из архивов Замостского братства и замостского Братского монастыря, братский ставропигиальный крест. Удалось выявить и перевезти в Холмский музей помянники Колемчицкого монастыря, холмского собора. Почти все указанные исторические ценности были утрачены во время Первой мировой войны, кроме тех памятников, которые были переданы в Румянцевский музей (старинное изображение Иосафата (Кунцевича) из Рождество-Богородичного храма в городе Бела, серебряный барельеф с престола Рождество-Богородичного собора в Холме), в Исторический музей (коллекция холмских грамот). Миссионерско-просветительская деятельность и церковно-исторические исследования при участии Холмского и других братств епархии способствовали большему сближению униатов с православной церковью. Так, в 1889–1890 гг. около сотни униатов воссоединились с православием в Грубешовском уезде.