Военные события 1648–1651 гг. разделили Львовскую епархию на две части: польско-шляхетскую (Галицию) и казачью (Подолье). Епископ Арсений (Желиборский) продолжал поддерживать связи со своей паствой, в 1650 г. вместе с уневским игуменом Пахомием посетил митрополита Киевского и Галицкого Сильвестра (Косова). Епископ Арсений (Желиборский) неоднократно выступал в роли посредника в переговорах между украинским гетманатом и представителями Речи Посполитой. За заслуги в церковной деятельности король Ян Казимир II 7 марта 1656 г. предоставил епископу Арсению (Желиборскому) во владение Уневскую архимандритию. В 1658–1659 гг. епископ Арсений (Желиборский) неоднократно предпринимал попытки примирения с униатами, окончившиеся неудачно. Скончался 18 сентября 1662 г. Согласно «Летописи Львовского ставропигийского братства», в декабре 1662 г. Собор с участием духовенства и мирян избрал на Львовскую кафедру родного брата почившего архиерея Адама Желиборского. 20 мая 1663 г. Адам Желиборский получил утверждение от короля Яна II Казимира. В октябре 1663 г. новорукоположённый епископ Афанасий (Желиборский) уже осуществлял полноценное управление епархией. В марте 1664 г. он получил от короля должность администратора Киевской митрополии на землях, подконтрольных Речи Посполитой, и выполнял эти обязанности вплоть до смерти 7 ноября 1666 г. Как и его брат, епископ Афанасий (Желиборский) выполнял различные дипломатические поручения королевского двора, используя свои контакты с руководством гетманской Украины. В 1666–1676 гг. шла длительная борьба за право обладания Львовской кафедрой. В 1666–1667 гг. временно управляющим епархией был бывший епископ Перемышльский и митрополит Киевский в пределах Речи Посполитой Антоний (Винницкий), который затягивал проведение выборов нового архиерея. В январе 1667 г. оппозиционная часть местной шляхты провела в городе Галич совещание, на котором на Львовскую кафедру был избран шляхтич Иван Шумлянский, который при посредничестве Львовского Римско-католического архиепископа Яна Тарновского обратился к королю, и тот 27 февраля 1667 г. выдал привилей на Львовское епископство, и в ноябре 1667 г. Иван Шумлянский принял монашеский постриг и иерейскую хиротонию от епископа Луцкого и Острожского Гедона (Святополк-Четвертинского) с именем Иосиф. К тому времени у Иосифа (Шумлянского) уже был серьёзный соперник в борьбе за епископство.