В 1597 г. епископ получил титул патриаршего экзарха, а в 1602 г. при посредничестве Александрийского патриарха Мелетия I (Пигаса) и молдавского господаря Иеремии Мовилэ было достигнуто примирение владыки с братством. Противостояние братств с епископатом стало одной из причин уклонения епископов в унию с Римским престолом. Будучи одним из инициаторов церковного Собора по вопросу унии, епископ Гедеон (Балабан) не согласился с предлагаемой концепцией локальной церковной унии и вместе с Перемышльским епископом Михаилом (Копыстенским) не поддержал подписания униатского акта в Бресте в 1596 г., а, напротив, принял активное участие в православном Брестском Соборе. 22 марта 1598 г. Сигизмунд III издал универсал, согласно которому епископов, не подписавших унию, Львовского Гедеона (Балабана) и Перемышльского Михаила (Копыстенского), было решено оставить в покое. Больше никаких решений принято не было, и урегулирование конфликтных ситуаций перенесли на следующий сейм. После смерти епископа Гедеона (Балабана), наступившей 10 февраля 1607 г., новым администратором епархии на краткое время был избран его племянник архимандрит Исаия (Балабан), настоятель Уневского монастыря, пользовавшийся поддержкой князя Константина Константиновича Острожского. Он упоминался как «наступца (преемник) и блюститель епископии Львовской, Галицкой и Каменца Подольского» в акте от 20 февраля 1607 г., ещё при жизни Гедеона (Балабана). 1 марта 1607 г. князь К.К. Острожский обратился к Львовскому Успенскому братству с просьбой поддержать кандидатуру архимандрита Исаии (Балабана) в избрании на Львовскую кафедру, что вызвало протест значительной части духовенства, членов братства и шляхты. Началось активное противостояние, в том числе и насильственные захваты храмов (львовской церкви Благовещения Пресвятой Богородицы во Львове сторонниками Исаии). В соответствии с королевским привилеем Львовским епископом стал рекомендованный католическим архиепископом шляхтич Евстафий Тиссаровский, согласившийся принять унию. Он был хиротонисан во епископа с именем Иеремия не позднее мая 1608 г. в городе Яссы митрополитом Сучавским Анастасием (Кримкой). Перед хиротонией Иеремия (Тиссаровский) отрёкся от унии. С 1610 г. епископ Иеремия (Тиссаровский) оставался единственным действующим православным епископом Западнорусской митрополии. В 1613 г. он издал окружную увещательную грамоту с призывом к православным бороться с унией.