С учётом новых храмов в униатских сёлах, разрешённых к открытию, в 1955 г. число зарегистрированных церквей во Львовской области достигло 637. Однако вскоре началось массовое закрытие и снятие с регистрации «лишних» церквей, в итоге в 1958 г. их стало 613, клир Львовской епархии составляли 310 священников и четыре дьякона. 23 июля 1956 г. на Львовскую кафедру был назначен архиепископ Палладий (Каминский), управлявший Львовской епархией до мая 1960 г. По его инициативе были проведены съезд благочинных Львовско-Тернопольской епархии (Почаев, октябрь 1957 г.) и Львовский съезд (август 1958 г.), на которых были рассмотрены литургические и дисциплинарные вопросы, а также приняты декларации с призывами усилить борьбу с католичеством и униатством в связи с тем, что «в последнее время в епархии наблюдается заметная активизация невоссоединённых священников». В 1957 г. были введены должности областных благочинных, в обязанности которых входила инспекция приходов «в целях внедрения православных обрядов и ликвидации униатских пережитков». Во Львовской области должность областного благочинного занял в мае 1957 г. протоиерей Иоанн Король, настоятель кафедрального собора, а в Дрогобычской области такую должность занял священник Юрий Савчук. В 1961 г. протоиерея Иоанна Короля из-за его «малоактивности» сменил в должности областного благочинного протоиерей Юрий Ванчицкий, настоятель Николаевского храма во Львове. 21 мая 1959 г. в связи с упразднением Дрогобычской области Дрогобычская епархия была присоединена к Львовской епархии, и число приходов Львовской области возросло с 613 до 1253 общин. В феврале 1960 г. во Львов прибыл старший инспектор Уполномоченного Совета по делам РПЦ при СМ УССР С. Голубань, который вместе с уполномоченным по делам культов по Львовской области М.И. Дрилем осуществил проверку львовских храмов на предмет выявления в интерьерах и убранстве «униатских элементов». По итогам проверки и негативных отзывов уполномоченного в конце мая 1960 г. архиепископ Палладий (Каминский) был смещён с Львовской кафедры и переведён в Оренбург. В сентябре 1960 г. на Львовскую епархию был переведён Черновицкий и Буковинский епископ Григорий (Закаляк), первый архиерей из числа бывшего львовского униатского духовенства. С 1959 г. после закрытия кременецкого в честь Богоявления женского монастыря (несмотря на активное сопротивление архиепископа Палладия) началось массовое закрытие храмов и снятие с регистрации священнослужителей Львовской епархии: во Львовской области в 1960 г. сняты с регистрации 44 храма, прекращены службы в 66 незарегистрированных церквах, в 1961 г. сняты с регистрации 77 общин и десять священнослужителей, в том числе известные львовские протоиереи Дмитрий Семчишин и Стефан Кременецкий, настоятель Преображенского храма. В 1961 г. оставалось 1130 зарегистрированных церквей, 507 священников, пять дьяконов. В Тернопольской области из 804 храмов в 1960 г. через год было уже 777, сократилось и число священнослужителей. Особо жёсткий характер имела кампания против Почаевской лавры в 1960–1963 гг. В обители закрыли гостиницу, свечную мастерскую, запретили проводить ремонт, а значительную часть братии силой вывезли из лавры в места, где они были прописаны до принятия монашеского пострига.