В результате одной из таких тяжб с игуменом новгород-северского Преображенского монастыря Михаилом (Лежайским) о присоединении Лазарем части монастырских земель к своей епархии в октябре 1672 г. Лазарь перенёс кафедру в полуразрушенный черниговский Борисоглебский монастырь и восстановил в епархии Черниговскую и Новгород-Северскую архимандритии. В 1664 г. в связи с готовившимся в Москве Собором митрополит Газский Паисий Лигарид обратился к Лазарю, чтобы тот канонически обосновал посвящение в сан нескольких священников на одной литургии. В ответе Лазарь ссылался на традицию Киевской митрополии, которой придерживался и Пётр (Могила). Несмотря на то что на Соборе 1666–1667 гг. данная практика была осуждена, и Лазарь подписал решение Собора, он и впоследствии придерживался данного обычая. В марте 1688 г. Московский патриарх Иоаким (Савёлов) потребовал от Киевского митрополита Гедеона (Святополка-Четвертинского), архимандрита Киево-Печерского монастыря Варлаама (Ясинского) и Лазаря разъяснения постановлений Флорентийского собора. 26 мая Лазарь ответил неопределённо, но приложил небольшое компилятивное сочинение о Соборе, составленное на основе воспоминаний Сильвестра Сиропула, материалов полемического сочинения «Апокризис» и сочинения Иерусалимского патриарха Нектария «О главенстве папы» (Яссы, 1682 г.). В сентябре патриарх Иоаким (Савёлов) вторично обратился к представителям киевского духовенства, потребовав прислать их рассуждения о времени пресуществления Святых Даров в связи с сочинением Феодосия (Сафоновича) «Выклад о Церкви святой» (Киев, [1666] г.). Поскольку духовенство медлило с ответом, патриарх Иоаким (Савёлов) выразил своё недовольство митрополиту Гедеону (Святополку-Четвертинскому), после этого митрополит Киевский и Варлаам (Ясинский) согласились принять точку зрения восточно-христианского богословия. В послании, переданном в феврале 1689 г. в Москву с Феодосием (Углицким), Лазарь настаивал, что пресуществление происходит во время произнесения установительных слов, и отверг обвинения в следовании латинскому учению (это мнение, распространённое в Малороссии, совпадало с католической точкой зрения о преложении Святых Даров во время произнесения священником установительных слов; православная церковь учит, что преложение совершается после прочтения священником всей анафоры). Патриарх Иоаким (Савёлов) пригрозил Лазарю Патриаршим судом и наложил на него временное запрещение в служении. Лазарь был похоронен в черниговском Борисоглебском соборе. Панегирики в его честь на основе библейского сюжета о воскрешении Лазаря написали полтавский священник и поэт, бывший сотрудник типографии Лазаря Иоанн Величковский (ум. в 1701 г.) и игумен черниговского Троице-Ильинского монастыря гравёр Лаврений Крщонович (ум. в 1704 г.). Польские стихи на смерть Лазаря анонимного автора вошли в рукописный курс риторики «Mercurius in regno ceguisitae ferro liberatis», прочитанный в Киево-Могилянской коллегии в 1693 г., впоследствии – в учебник риторики «Triumphus cum annui laboris» (1696 г.; Институт рукописей Национальной библиотеки Украины).