Военные действия польской армии и нашествия татар в 1663–1664 гг. способствовали росту пророссийских настроений и среди чёрного духовенства, раньше оно в большей степени, чем белое, склонялось к отстаиванию автономии Киевской митрополии. Лазарь принадлежал к той части духовенства, которая пыталась сохранить автономию своей церкви, но при этом не желала разрыва с Россией. Весной 1666 г., после пленения поляками митрополита Иосифа (Нелюбовича-Тукальского) и заключения его в Мальборке (1664 г.), Лазарь вместе с киевским духовенством обратился с челобитной к царю Алексею Михайловичу, чтобы правитель России разрешил избрать митрополита в Киеве; в обращении к московскому послу Ионе Леонтьевичу киевский воевода Пётр Васильевич Шереметев (Большой) назвал кандидатуру Лазаря как одну из наиболее подходящих. Тогда же Лазарь заявил о желании приехать в Москву и получить приглашение участвовать в Большом Московском соборе 1666–1667 гг. Лазарь выехал с опозданием из-за ожидания выхода из печати своего сборника проповедей «Меч духовный...» с посвящением Алексею Михайловичу, которое намеревался прочесть во время первой аудиенции. Специально для поездки Лазарь готовил несколько проповедей (в частности, о преподобном Алексии, человеке Божьем). 12 октября 1666 г. Лазарь прибыл в Москву со свитой из 63 человека и певческой капеллой, вручив «на приезде» царю книгу «Меч духовный...» и копию чудотворной Купятицкой иконы Божьей Матери. Во время соборных заседаний Лазарь занимал более почётное место, чем приехавший из Киева местоблюститель Мефодий (Филимонович). Лазарь (как и отдельные представители киевского духовенства) сочувствовал патриарху Никону, продолжал поддерживать с ним отношения и после его опалы и называл его «великим светилом». Лазарь счёл наказание слишком суровым, хотя на Соборе открыто не защищал Никона и подписался под соборным определением против старообрядцев, впоследствии неоднократно предоставлял в своей епархии прибежище беглым староверам. Пробыв в Москве около года, Лазарь хлопотал преимущественно о личных делах (хотя фразу из его письма Иннокентию (Гизелю) «надеюсь… что-нибудь соорудовати у его царского величества» историк Виталий Осипович Эйнгорн склонен толковать как свидетельство того, что Лазарь прилагал усилия к защите церковных привилегий Киева). Так, Лазарь и епископ Могилёвский Мефодий (Филимонович) протестовали против запрета архиереям носить на митре крест со ссылкой на привилегию, полученную киевским духовенством от Константинопольского патриарха. Вопрос о выборе Киевского митрополита на Соборе не поднимался. Поскольку по условиям Андрусовского перемирия 1667 г. Киев передавался России сроком на два года, у киевского духовенства существовали опасения, что город будет возвращён польской стороне. В связи с этим появилось намерение перенести центр митрополии из Киева в Чернигов, для чего было необходимо возвести Черниговскую епископию в ранг архиепископии. Исследователи полагают, что иея могла принадлежать Лазарю, хотя он утверждал, что она была высказана киевскими игуменами, тем не менее, уже в 1665 г. приближённые к Лазарю именовали его титулом архиепископа.