Перед началом одиннадцатой сессии (19 декабря 1515 г.) был одобрен примирительный договор папы Римского с королём Франции, известный как Болонский конкордат (окончательно подписан 18 августа 1516 г.). Король Людовик XII скончался 1 января 1515 г., а в сентябре его преемник король Франциск I нанёс швейцарцам в борьбе за Милан сокрушительное поражение, что вынудило папу провести личные переговоры с королём в Болонье 11–15 декабря 1515 г. На этой встрече обсуждался вопрос и о Прагматической санкции, которую папа отказывался признать, поэтому формально она была отменена, но при этом понтифик признал право короля предлагать кандидатов почти на все епископские кафедры в своих владениях. Современники сочли, что Болонский конкордат был уступкой папе, и Парижский парламент сначала отказался его регистрировать (без этого договор не имел юридической силы). Пятый Латеранский собор утвердил болонские решения, изложенные в двух папских буллах: в «Primitiva illa ecclesia» были приведены статьи нового договора; булла «Pastor aeternus» упразднила Прагматическую санкцию, закрепила главенство папы Римского в католической церкви и осудила решения Базельского и Пизанского Соборов. Этой же буллой было закреплено исключительное право папы созывать и распускать вселенские Соборы католической церкви. Епископы голосовали за неё поимённо, вставая и произнося «placet» (лат. «угодно»). На одиннадцатой сессии представители патриарха ливанских маронитов Шимуна аль-Хадаси изъявили от его имени готовность заключить унию с Римом. Тогда же были утверждены декреты «Supernae maiestatis praesidio» и «Dum intra mentis arcana», которые урегулировали взаимоотношения между епископами и монашескими Орденами. Епископы жаловались, что, получив значительные привилегии, Ордены стали слишком независимыми и утратили внутреннюю дисциплину, и требовали поставить Ордены под контроль, а некоторые даже выступали с предложением распустить их. Благодаря присутствовавшим на пятом Латеранском соборе и пользовавшимся большим авторитетом генеральным настоятелям доминиканцев Фомы Каэтана и августинцев Эджидио да Витербо до этого дело не дошло. Монашествующие, в свою очередь, обвиняли епископов в обмирщении и утверждали, что именно Ордены играют основную роль в наставлении народа. Декрет «Munus praedicationis» регламентировал деятельность проповедников: запрещалось включать в тексты проповедей пророчества о конце света, о приходе антихриста, выдавать их за полученное откровение, а также обличать поведение церковного начальства; епископам, генеральным настоятелям монашеских Орденов, главам конгрегаций клириков предписывалось следить за благочестием и компетентностью проповедников; местные священники должны были экзаменовать исповедников. Епископам в случае бездействия орденских властей было разрешено вмешиваться в дела монахов; монахи не могли снимать церковное отлучение, наложенное епископом; только епископ или его викарий имел право освящать орденские церкви, рукополагать в сан; в монастырях разрешалось звонить в колокола в Страстную субботу только после того, как прозвонят колокола в соборной церкви; монашествующим было запрещено венчать прихожан без разрешения приходского священника и совершать большинство таинств. Однако налагаемые соборными декретами ограничения сопровождались рядом оговорок об их снятии в случае согласия епископа или другого местного ординария.