Помимо «Первой молитвы утра» начальная часть «Литургии апостола Марка» содержит ещё несколько молитв: согласно «византийской редакции» – молитвы за императора и за патриарха; согласно коптской – «молитву протесиса» (ту же, что в «византийской редакции»; место молитвы в коптской редакции позволяет исследователям предположить, что изначально отдельного чина проскомидии в «Литургии апостола Марка» не было, что, по мнению исследователей, подтверждают и данные Россанского кодекса), обращённую к Сыну Божию разрешительную молитву, молитву каждения, серию из трёх ходатайственных молитв, молитву «после каждения» (либо «каждения перед чтением Посланий апостола Павла»; таким образом, сразу после начальных молитв в коптской редакции «Литургии апостола Марка» начинаются литургийные чтения из Священного Писания). Эфиопская редакция открывается молитвой за императора и патриарха (как в «византийской»), затем идут молитвы протесиса и каждения (таким образом, эфиопская редакция проявляет сходство как с «византийской», так и с коптской). Часть рукописей «византийской редакции» «Литургии апостола Марка» помещает перечисленные начальные молитвы в контекст обычного константинопольского энаркиса, соединяя их со вседневными антифонами и ектениями. После начальных молитв в «византийской редакции» «Литургии апостола Марка» следуют две молитвы, сопровождающие церемонию малого входа (см. ст. Вход). Исследователи предполагают, что в первоначальном чине «Литургии апостола Марка» этой церемонии не было, поскольку в коптской редакции отсутствуют и эти молитвы, и малый вход; кроме того, сами эти молитвы представляют собой не вполне стройную комбинацию цитат из других молитв. За ними идёт «молитва Трисвятого», поётся Трисвятое, и читаются Апостол и Евангелие; в коптской редакции Трисвятое поётся между чтениями из Апостола (которых не одно, а три: из Посланий апостола Павла, Соборных Посланий и «Деяний святых апостолов», каждое со своей молитвой – то же и в эфиопской редакции) и Евангелия, а молитва, частично совпадающая с молитвой «византийской» редакции, осмысляется как посвящённая чтению Евангелия. Вслед за литургийными чтениями из Священного Писания начинается серия ходатайственных молений, состоящая из диаконских прошений, сопровождаемых молитвой священника, после которых следуют так называемые три молитвы, являющиеся особенностью египетской литургической традиции. В большинстве рукописей «византийской редакции» «Литургии апостола Марка» полный текст диаконских прошений не приводится (даётся только ссылка на них), лишь в рукописи Мелетия Пигаса выписана обычная константинопольская сугубая ектения, с прибавлением к ней некоторых прошений из мирной ектении. В коптской редакции «Литургии апостола Марка» содержатся совершенно другие прошения, причём не на коптском, а на греческом языке; исследователи предполагают, что они восходят к тексту «Литургии апостола Марка» до константинопольского влияния. Три молитвы, которые завершают серию ходатайственных молений, содержат просьбы о мире, о патриархе, о христианских общинах. В переработанном виде эти же просьбы включены в состав анафоры (на предположения И. Энгбердинга о соотношении анафоры и этих ходатайственных прошений).