Большинство молитв «Литургии апостола Марка» обращены к Богу Отцу; несколько молитв, обращённых к Сыну Божию, являются, как полагают исследователи, относительно поздними добавлениями к древнейшему слою текста. По мнению исследователей, в сравнении с другими восточными литургиями молитвы «Литургии апостола Марка» отличаются однообразием, частым повторением одних и тех же выражений (так что в небольших молитвах нередко встречаются фразы, дословно совпадающие со словами из тех или иных разделов анафоры, и т.д.), обилием поминовений. В отличие от, например, константинопольских литургий, где каждая молитва имеет свой особый возглас, в «Литургии апостола Марка» большинство молитв оканчиваются одинаково: «Благодатию и щедротами…», хотя исследователи встречают и другие варианты (так, молитвы, обращённые к Сыну Божию, обычно завершаются словами «и Тебе славу воссылаем…»). Многие молитвы предваряются следующей характерной серией аккламаций диакона, предстоятеля и народа: «На молитву встаньте», «Мир всем», «И духови твоему» (в коптской редакции «Литургии апостола Марка» нет ни аккламации «Мир всем», ни ответа на неё, так что они могут быть позднейшими добавлениями), «Помолитесь о [таком-то предмете]» («Господи, помилуй», произносится трижды). «Литургия апостола Марка» открывается молитвой, в коптской традиции обозначаемой как «Первая молитва утра» (в греческих рукописях не имеет заглавия; в эфиопской версии называется «благодарственной»), что имеет параллель уже в египетском Евхологии Серапиона (IV в.), где литургия начинается с «Первой молитвы воскресного дня». В рукописях «византийской редакции» «Литургии апостола Марка» перед ней выписаны ещё несколько текстов, которые относятся к приготовлению евхаристических хлеба и вина (или проскомидии). Первый из них озаглавлен как «молитва протесиса» (т.е. проскомидии) либо «молитва в диаконнике», но в действительности является цитатой Ис. 53:7–8, очевидно сопровождавшей изъятие агнца из просфоры, как и в константинопольских литургиях. Далее следует «молитва кадила» (в «Литургии апостола Марка» достаточно много молитв для благословения кадила в различные моменты службы; тексты и расположения этих молитв в «византийской» и коптских редакциях существенно расходятся; по мнению исследователей, они, были привнесены в «Литургию апостола Марка» извне: в частности, в «византийской редакции» они близки к аналогичным молитвам «Литургии апостола Иакова) и ещё одна «молитва протесиса», частично совпадающая с эпиклезой анафоры и содержащая прошение о «претворении» Даров в Тело и Кровь Христовы, что с учётом чтения этой молитвы задолго до анафоры создаёт проблемы богословского характера (в Россанском кодексе эта молитва помещена не в чине проскомидии, а после великого входа). Эту молитву исследователи встречают и в ряде других восточных литургий, в том числе в южно-итальянской редакции «Литургии Иоанна Златоуста» и в древнейшей славянской, а также в древнерусской редакциях «Литургии Василия Великого».