В 1916–1919 гг. служил экономом в Московской духовной академии, в 1919–1921 гг. – экономом в Высшей военной электротехнической школе комсостава РККА, размещавшейся в здании Московской духовной академии в городе Сергиев (ныне Сергиев Посад). В 1919 г. К.П. Любомудров был назначен священником, а затем настоятелем церкви в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» на улице Большая Ордынка в Москве. 15 апреля 1932 г. был арестован с большой группой (больше 50 человек) московского духовенства, монахинь и мирян и помещён в Бутырскую тюрьму. Арестованные обвинялись в «антисоветской агитации, распространении провокационных слухов», организации сбора денег и продуктов для ссыльного духовенства. На допросе К.П. Любомудров не признал свою вину в антигосударственной деятельности, утверждал, что не произносил проповедей антисоветского характера. 10 мая 1932 г. особое совещание при Коллегии ОГПУ приговорило К.П. Любомудрова к пяти годам ссылки в Казахстан. Отбывал ссылку в городе Алма-Ата. Вернувшись из ссылки в 1935 г., К.П. Любомудров как бывший осуждённый не мог устроиться на работу и легально проживать в Москве. Он был вынужден уехать в Можайск, откуда часто приезжал в Москву и совершал требы в домах бывших прихожан. В августе 1937 г. был выписан ордер на арест К.П. Любомудрова, но т.к. он не имел постоянного места жительства, то некоторое время оставался на свободе. 29 октября того же года К.П. Любомудров был арестован в Можайске и отправлен в Москву, где содержался в Таганской тюрьме. Был обвинён в том, что «возобновил контрреволюционную деятельность», проводил тайно богослужения на квартирах единомышленников, организовывал сбор денежных средств для оказания помощи ссыльным. На следствии К.П. Любомудров отрицал обвинения в антисоветской деятельности и отказался доносить на кого-либо из знакомых. 17 ноября 1937 г. Особая тройка УНКВД по Московской области приговорила К.П. Любомудрова к расстрелу. Через два дня приговор был приведён в исполнение. К.П. Любомудров был погребён в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой. Имя К.П. Любомудрова включено в Собор новомучеников и исповедников Русской церкви определением Священного Синода РПЦ от 27 декабря 2005 г.