Несторий поясняет свой взгляд таким примером. Человек состоит из души и тела. Кто его убивает, того называют человекоубийцей, хотя не подлежит сомнению, что он убил не всего человека, а только тело, но убить душу невозможно, поскольку она бессмертна. Таким образом, того, кто в собственном смысле есть убийца тела, мы называем человекоубийцей, потому что в имени «человек» содержатся оба понятия: душа и тело. Но назвать подобного убийцу душеубийцей было бы абсурдом. Следовательно, что хотя пострадал Бог Слово как человек, можно говорить о страдании Христа и нельзя говорить о страдании Бога. На это Кирилл Александрийский отвечает, что этот пример говорит в его пользу, поскольку человек – это совсем не то, что душа + тело в их простом подлеположении. Нет, при всём различии их природ, человек есть их живое единство. Поэтому и возможно говорить о человекоубийстве. Душа человека не убита, как бессмертная, убито лишь его тело; но т.к. это его собственное тело, то говорят, что убили его самого, человека. Поэтому и надо говорить, что пострадал Сам Бог Слово. С формальной стороны данный пример – в пользу Нестория, но Кирилл Александрийский вносит столько жизненного понимания в сам факт, что и его вывод утрачивает свой парадоксальный характер. Из этого примера видно, как энергично сознано им значение Божества как носителя и источника лично жизни в Богочеловеке. Душа человека до тождества совпадает с самим лицом человека. Она и есть жизненный центр, в отношении к которому тело является лишь его принадлежностью, а не уравнивается с последним, как составная часть, объединяемая в третьем. Таким образом, Кирилл Великий выставлял на вид особенно единство Богочеловека и человечества во Христе, предполагая, как несомненное, действительность различения двух естеств. Несторий отстаивал действительное различие двух естеств, не думая оспаривать единство Христа и Сына. Кирилл находил, что система Нестория даёт основание сомневаться, что Христос есть истинный Бог. Несторий находил, что в системе Кирилла дан элемент теопасхитства, что в своём любимом слове «Эммануил» на слове «ил» (Бог) он ударяет так сильно, что «эмману» (с нами) остаётся совсем без ударения. И Кирилл Александрийский, и Несторий обвиняли друг друга в отступлении от Никейского символа веры, в котором сказано: «Ради нас человеков и ради нашего спасения сошедшего и воплотившегося и вочеловечившегося». Но этого не отвергал ни тот, ни другой, а обвинение опиралось на различную (мысленную) интерпретацию Символа. Кирилл написал многочисленные полемические сочинения против Нестория, в которых утверждалось нераздельное соединение природ во Христе, начиная с момента Его рождения в мир. Узнав от египетских монахов, что в монастырях его епархии популярны проповеди Нестория, в которых доказывается, что Дева Мария как человек могла родить только человека и родила не Бога, а Христа, и что поэтому Её следует называть не Богородицей, а Христородицей, Кирилл Великий написал послание «к пустынникам Египта», в котором, не называя по имени Нестория, обличал кратко его учение, а когда Несторий обиделся на это, Кирилл Александрийский прямо потребовал от него отречения от указанных мыслей. Несторий отвечал на это рядом новых проповедей. Тогда Кирилл обратился к Несторию со вторым посланием, в котором подробнее объяснял церковное учение.