Так, в 1351 г. он отлучил от церкви Сербию, поскольку деспот Стефан Душан самовластно воздвиг Сербскую церковь в ранг патриаршества и объявил себя царём, равным византийскому императору. Из документов XIV в. исследователям видно, что политика, направленная на духовное объединение, проводилась патриархом Каллистом I и его преемником по кафедре исихастом святителем Филофеем также и по отношению к Руси. Зная, как необходимо в этой стране сосредоточение в руках великого князя всей полноты власти для освобождения её от татаро-монгольского ига и что зависит оно от единства церковного, Каллист I послал в Русскую митрополию несколько грамот, в которых дал ряд указаний, направленных к достижению этой цели. Например, он распорядился об упразднении Галицкой митрополии и о подчинении её епископий митрополии Киева, назвав тщетной новизной возведение епископа Галицкого в митрополиты. При Каллисте I вся Малая и Великая Русь были приведены под власть одного митрополита – Киевского. Присылал патриарх на Русь и Соборное деяние. В своих посланиях он напоминает, «что митрополит Киевский поставлен для всей Руси и должен равно благоволить ко всем князьям». Он благословил перенесение митрополичьей кафедры из Киева во Владимир с сохранением за Киевом первопрестольного места. В Константинополе в 1353 г. при патриархе Каллисте I около года жил в «надлежащем испытании» кандидат на кафедру Русской митрополии святитель Алексий, поставленный в митрополиты в июне 1354 г. уже во время патриаршества Филофея Коккина, т.к. Каллист I после двух лет первосвятительства удалился для подвигов безмолвия в устроенную им обитель в честь св. Маманта в Тенодосе, «потому что не хотел угождать желаниям двора и не имел силы, чтобы презирать зависть своих соперников». В январе 1355 г. политические обстоятельства в Византии резко изменились. Столицу Константинополь занял Иоанн V Палеолог. Император Иоанн VI Кантакузин, оставшись без поддержки народа, отказался от престола, постригся в монахи в столичном Манганском монастыре с именем Иоасаф и вскоре удалился на Афон. Патриарх Филофей Коккин при первом же движении в обществе в пользу Палеолога оставил патриарший престол, и Каллист I снова вернулся к управлению Константинопольской церковью. О втором его периоде патриаршества известно немногое. Сохранилось лишь послание-увещание патриарха тырновскому духовенству относительно Болгарского патриарха и обряда крещения, написанное им в декабре 1355 г. Эта грамота служит наглядным образцом отношений как церковных, так и светских, существовавших в тот период между Византией и Болгарией. Для исследователей она важна ещё и тем, что довольно хорошо обрисовывает политическую борьбу партий, которая велась в XIV в. на церковной почве и к которой исихасты имели самое непосредственное отношение. Поводом к написанию увещания послужило послание патриарху Каллисту I от его друга и соученика преподобного Феодосия Тырновского и его сподвижника Романа. В нём сообщалось о нарушениях представителями Болгарской церкви канонических постановлений: при богослужении не возглашалось имя Вселенского патриарха, и имели место нарушения при совершении обряда крещения. Отвечая на послание, патриарх Каллист I напомнил, что болгары, в первую очередь, обязаны поминать Константинопольского и прочих восточных патриархов и лишь после них патриарха Тырновского, поскольку тот никогда не был равен прочим патриархам, а название патриарха ему усвоено в знак почёта по снисхождению к просьбе болгарского царя Иоанна Асена II (1218–1241 гг.) с условием, что Константинопольскому патриарху будет оказываться повиновение и почтение от подведомственной ему митрополии. Увещая клир Болгарской церкви, Каллист I писал, что только «наша любовь и расположение к царю (т.е. Иоанну Александру, который много сделал для преподобного Григория Синаита, учителя патриарха Каллиста I) убеждает нас оставить это дело без последствий до тех пор, пока не увидим от Тырновского патриарха исправления». Далее Каллист I подробно остановился на нарушениях в таинстве крещения, указав, что крещение, совершаемое в одно, а не в три погружения или через обливание, есть «дело незаконное и исполненное нечестия». Кроме того, патриарх отметил ещё одно нарушение, которое совершалось в Болгарской церкви. При миропомазании крещаемых употреблялось миро, взятое от мироточных мощей святого славного великомученика Димитрия или святого Варвара, вместо мира, предписанного церковным таинством. Каллист I напомнил, что помазание крещаемого святым миром, узаконенное православной церковью, «совершенствует его и укрепляет в исповедании веры... не помазуемый составом такого мира пребывает несовершенным и неутвержденным в добре, потому что, будучи непричастен сего чувственного благоухания, он лишается и богоначального оного благоухания, и Божественной пищи». Священник же, отступающий от канонических постановлений относительно крещения и миропомазания, «как явно отметающий Церковное Предание, не знаю, какой ответ даст Богу в день суда или как избегнет наказания за столь тяжкие прегрешения против веры».