Во внешней политике премьер, который стал ещё более антианглийским после Англо-бурской войны (1899–1902 гг.), подозревался в подготовке союза с Германией. Однако его устремления не были реализованы в том числе и из-за строгого нейтралитета королевы Вильгельмины. Активно занимался начальным образованием, поощрял создание христианских школ. Помимо газеты «De Standaard» основал еженедельник «De Heraut». В сфере высшего образования были расширены возможности для создания специальных кафедр, что дало импульс развитию технического образования и реорганизации Политехнической школы в Делфте в Технический университет. Также улучшил финансовое положение религиозных школ. Добился роспуска и переизбрания Сената, чтобы принять закон, по которому дипломы религиозных университетов приравнивались бы к дипломам государственных университетов. После своего поражения на выборах 1905 г. провёл год, путешествуя на поезде, посетив самые труднодоступные места Средиземноморья. В 1907 г. снова хотел быть избранным в Палату представителей, но это не удалось из-за оппозиции со стороны ХСИ, что привело к личному конфликту с Алеександром де Саворнином Ломаном. В 1908 г. получил почётное звание государственного министра. В том же году был избран в парламент, стал председателем комитета по реформе орфографии и получил почётную докторскую степень Лёвенского католического университета. В 1909 г. был дискредитирован так называемым «Ленточным делом». Было установлено, что в 1903 г. по его инициативе амстердамский купец Рудольф Леманн получил королевскую награду, а год спустя внёс в партийную кассу АРП 11 000 гульденов. Специально созданный парламентский комитет по расследованию признал его невиновным. В 1912 г. по состоянию здоровья покинул Палату депутатов, однако в следующем году стал членом Сената от Южной Голландии и оставался в этом статусе до конца жизни. В 1918 г. сыграл значительную роль в формировании первого кабинета Шарля Рёйса де Беренбраука. Его сын Херман Хубер Кейпер стал профессором богословия и оказал большое влияние на Нидерландскую реформатскую церковь, внучка – Йохтйе Лос во время Второй мировой войны спрятала у себя дома от нацистов многих евреев. Почётный доктор Делфтского технологического университета (1907 г.). На доме, где он жил премьер-министром Руудом Любберсом была открыта мемориальная доска, в 2008 г., несмотря на неоднозначные мнения в обществе, на площади Гудстин в Масслёйсе был установлен памятник в его честь. Теологическим центром Принстона был создан центр имени Абрахама Кейпера, где в том числе хранятся связанные с ним документы. Центр присуждает ежегодную премию его имени. В Гранд-Рапидсе (штат Мичиган) находится Колледж Абрахама Кейпера. Он был основан в 1939 г. как Институт реформатской Библии и был переименован в честь Абрахама Кейпера в 2006 г. Его взгляды оказали значительное влияние на становление партии Христианско-демократический призыв и на европейскую христианско-демократическую политику в целом. Командор ордена Нидерландского льва (1913 г.). Был женат на Йоханне Хендрике Схай (1842–1899 гг.). От этого брака у Абрахама Кёйпера родилось восемь детей: пять сыновей и три дочери.