На архиерейском Соборе РПЦ 8 сентября 1943 г., избравшем митрополита Сергия (Страгородского) на патриарший престол, Н.Ф. Кольчицкий был введён в состав Священного Синода в качестве временного члена. На церемонии интронизации патриарха Сергия (Страгородского) в Елоховском Богоявленском соборе Н.Ф. Кольчицкий перед началом Божественной литургии огласил деяние архиерейского Собора об избрании патриарха. После кончины патриарха Сергия (15 мая 1944 г.) Н.Ф. Кольчицкий принял деятельное участие в работе архиерейского Собора РПЦ 21–23 ноября 1944 г., на котором делал доклад о порядке избрания патриарха, а также в подготовке и проведении поместного Собора РПЦ 31 января – 2 февраля 1945 г., избравшего патриарха Алексия I (Симанского). 25 февраля 1945 г. Н.Ф. Кольчицкий был возведён в сан протопресвитера. Как управляющий делами Московской патриархии, был одним из наиболее влиятельных церковных деятелей. 10 апреля 1945 г. участвовал вместе с патриархом Алексием I (Симанским) и Крутицким и Коломенским митрополитом Николаем (Ярушевичем) во встрече с главой Советского государства Иосифом Виссарионовичем Джугашвили (Сталиным), на которой обсуждались важнейшие вопросы государственно-церковных отношений. В мае-июне того же года Н.Ф. Кольчицкий входил в состав делегации во время патриаршего визита на Святую землю, потом посетил с митрополитом Николаем (Ярушевичем) Великобританию. Н.М. Зёрнов, увидевшийся там с Н.Ф. Кольчицким впервые после гражданской войны, сказал о нём: «Теперь – потухший вулкан. Как и тогда, это был исключительный человек, волевой, умный, но отныне закрытый непроницаемой бронёй». Летом того же года Н.Ф. Кольчицкий вёл в Москве переговоры о возвращении в православную церковь главы обновленцев Александра Ивановича Введенского, который, однако, отказался от предложенного ему принятия после покаяния в мирском чине. В сентябре-октябре 1945 г., во время визита в Германию, Н.Ф. Кольчицкий сыграл большую роль в воссоединении с РПЦ находившегося ранее в юрисдикции Константинопольского патриархата Брюссельского архиепископа Александра (Немоловского; впоследствии митрополит), временно управлявшего русскими православными приходами в Германии. В дальнейшем Н.Ф. Кольчицкий продолжал активно участвовать во внешнецерковной деятельности, входил в состав делегаций РПЦ во время визитов на Ближний Восток (1946 г.) и в Болгарию (1948 г.). Некоторое время Н.Ф. Кольчицкий совмещал пастырскую и церковно-административную работу с преподавательской деятельностью; стоял у истоков возрождения Московских духовных школ, студенты которых первое время посещали службы в Елоховском храме. 9 июня 1944 г. Н.Ф. Кольчицкий был включён в штат преподавателей Московского православного богословского института и Богословско-пастырских курсов. Входил в состав Учёного совета Богословского института, преподавал в качестве доцента литургику на пастырских курсах с 1944 по 1946 гг.