В 1530–1540 гг. в Кембриджском университете был проведён ряд преобразований для подготовки священников реформированной Англиканской церкви и чиновников государственных учреждений: упразднено преподавание схоластической теологии, канонического права, больше внимания стали уделять изучению латинского и греческого языков, иврита, Священного Писания, сочинений гуманистов и религиозных реформаторов Нового времени (Рудольфа Агриколы, Филиппа Меланхтона, Георгия Трапезундского и др.), а также математики. В 1540 г. король учредил в Кембридже пять новых профессорских кафедр (Regius Professor): греческого языка, иврита, теологии, гражданского права и медицины. С 1534 г. при университете официально действует издательство, старейшее в мире. На историю университета во многом оказала влияние начавшаяся в 1536 г. кампания по закрытию монастырей и упразднению монашеских Орденов (диссолюция). Так, в 1542 г. на основе общежития учившихся в Кембридже монахов-бенедиктинцев (Бекингем-колледж) был создан колледж св. Марии Магдалины (Модлин-колледж). Упразднённые обители нищенствующих Орденов также со временем стали принадлежать университету. Монастырь кармелитов отошёл колледжу Королев (Куинс-колледж). На месте доминиканских и францисканских монастырей возникли Эмманьюэл-колледж (1583 г.) и Сидни-Сассекс-колледж (1596 г.) соответственно. В 1545 г. король провёл через парламент закон об упразднении капелланств (chantries), коллегиальных церквей, религиозных братств. Опасались, что под действие этого закона подпадут и университетские колледжи, также имевшие статус церковных учреждений. Однако руководство ун-та, в первую очередь, вице-канцлер Мэттью Паркер (с 1559 г. – архиепископ Кентерберийский), задействовав связи при дворе, добилось сохранения колледжей. В следующем году король Генрих VIII принял решение объединить Кингс-холл, Майклхаус и некоторые более мелкие университетские учреждения в новый Тринити-колледж, ставший крупнейшим и наиболее финансово обеспеченным в Кембридже. Несмотря на то что после опалы и казни Т. Кромвеля (1540 г.) канцлером университета стал противник радикальных церковных преобразований С. Гардинер, Кембридж оставался крупнейшим центром английской Реформации. Двенадцать из тринадцати составителей первого варианта «Книги общих молитв» (1549 г.) были связаны с Кембриджским университетом. Туда приезжали преподавать и многие видные протестантские богословы из континентальной Европы. В 1549–1551 гг. профессором теологии в Кембридже был страсбургский реформатор Мартин Буцер. Вместе с ним в Кембридж переехал и христианский гебраист Пол Фагиус (ум. в 1549 г.). Преемником П. Фагиуса на посту профессора иврита стал библеист итальянец Дж. Э. Тремеллио (ум. в 1580 г.). Несколько раньше в Кембридже преподавал греческий язык Франсиско де Энсинас (ум. в 1552 г.), автор первого перевода Нового Завета на испанский язык. В правление английской королевы католички Марии I Тюдор (1553–1558 гг.) было восстановлено католическое богослужение, отменены все постановления, сделанные после смерти короля Генриха VIII, смещены большинство глав колледжей. Многие активные сторонники Реформации бежали на континент или скрывались. Однако масштабных репрессий в университете не было. Получили широкую огласку эксгумация и публичное сожжение останков «еретиков» М. Буцера и П. Фагиуса, совершённые в Кембридже в январе 1557 г., во время визитации университета кардиналом Реджиналдом Полем. При королеве Елизавете I Тюдор (1558–1603 гг.) вновь произошли значительные изменения в руководстве университетом и колледжами. Были восстановлены меры, введённые королём Эдуардом VI (1547–1553 гг.), в том числе упразднено католическое богослужение.