В Средние века основными дисциплинами, которые преподавались в Кембридже, оставались теология и каноническое право. Между 1297 и 1302 гг. либо в 1303–1304 гг. крупнейший средневековый философ и богослов Иоанн Дунс Скот (ум. в 1308 г.) мог читать в Кембридже лекции по «Сентенциям» Петра Ломбардского. Здесь преподавали известные католические теологи-францисканцы Фома Йоркский (ум. до 1269 г.), Роджер Марстон (ум. около 1303 г.), доминиканец Роберт Холкот (ум. в 1349 г.). В начале XVI в. распространению в Кембриджском университете гуманистического образования способствовала деятельность католического святого Джона Фишера (ум. в 1535 г.; канонизирован в 1935 г.), духовника Маргариты Бофорт, матери английского короля Генриха VII Тюдора (1485–1509 гг.). Маргарита добилась от сына разрешения основать в английских университетах постоянные кафедры теологии. В Кембридже такую кафедру возглавил Джон Фишер (1502 г.), занимавший также пост вице-канцлера университета (с 1501 г.). В 1504 г. Джон Фишер стал канцлером университета, одновременно был назначен епископом Рочестерским. По его инициативе и при поддержке Маргариты Бофорт было основано два новых колледжа: Христа (Крайстс-колледж; 1505 г.) и св. Иоанна Предтечи (Сент-Джонс-колледж; 1511 г.). В 1506 г. по приглашению Джона Фишера Кембридж посетил Эразм Роттердамский, в 1511–1514 гг. он занимал в Кембридже пост профессора теологии. После отъезда Эразма Роттердамского в Кембридже преподавали некоторые его ученики, среди них выделялся Р. Кроук (ум. в 1558 г.), филолог, знаток античной литературы. В Кембридже жил немец И. Лейр (в Англии известен под именем Джон Сиберч; ум. в 1554 г.), организовавший там первую типографию. Благодаря связям с континентальной Европой, особенно с Германией, в Кембридже рано начали проникать идеи Реформации. С 1521 г. в кембриджской таверне «Уайт-Хорс» регулярно собирался кружок университетских преподавателей и студентов (Т. Артур, Р. Барнс, Т. Билни, Дж. Фрит, Дж. Джой, Томас Кранмер, Хью Латимер и др.), которые интересовались учением Мартина Лютера. Исследователи полагают, что в эти же годы в Кембридже некоторое время жил Уильям Тиндал, теолог и переводчик Библии на английский язык. В 1531 г. Англию посетил швейцарский кальвинист богослов Симон Гринеус; через него кембриджские теологи завязали контакты с последователями Мартина Лютера, Ульриха Цвингли и других реформаторов. Сначала попытки кембриджских теологов, сторонников реформационных идей, заручиться поддержкой короля не имели успеха, более того, со второй половины 1520 гг. некоторые из них подвергались преследованиям со стороны властей. Однако конфликт с Римом в связи с бракоразводным процессом с Екатериной Арагонской заставил английского короля Генриха VIII Тюдора поменять отношение к Реформации. Именно кембриджские теологи, интересовавшиеся новыми религиозными учениями (Т. Кранмер, Х. Латимер, Николас Ридли, Э. Фокс и др.) и входившие в окружение Анны Болейн, фаворитки короля и впоследствии его второй жены, стали ключевыми фигурами начального этапа становления независимой Церкви Англии (см. Англиканская Церковь). Т. Кранмер был назначен архиепископом Кентерберийским (1533 г.), Х. Латимер – епископом Вустерским (1535 г.), Э. Фокс – епископом Херефордским (1535 г.), Н. Ридли – епископом Рочестерским (1547 г.) и затем епископом Лондонским (1550 г.). Среди кембриджских теологов были и сторонники умеренных церковных реформ (например, Стефан Гардинер, с 1531 г. – епископ Уинчестерский). Канцлер университета Джон Фишер был одним из главных противников разрыва с Римом. После его ареста и казни в 1535 г. канцлером университета в Кембридже стал Томас Кромвель, канцлер казначейства и ближайший советник короля.