В настоящее время появление университета в Кембридже рассматривается историками в связи с событиями начала XIII в. вокруг Оксфордского университета. В 1208–1209 гг. из-за интердикта, наложенного на Англию папой Римским Иннокентием III (1198–1216 гг.), и отлучения от церкви английского короля Иоанна Безземельного многие преподаватели и студенты стали покидать Оксфорд. Ситуацию усугубил острый конфликт с горожанами (декабрь 1209 г.): два студента были повешены по обвинению в убийстве. После этого все учебные заведения в Оксфорде были закрыты, большинство преподавателей отправилось в Париж, часть обосновалась в Рединге, а некоторые (среди них был Джон Грим, магистр школ в Оксфорде в 1201 г. и, вероятно, уроженец Кембриджа) переехали в Кембридж. В 1214 г. конфликт в Оксфорде был урегулирован, учебная жизнь там начала восстанавливаться, но часть преподавателей, по мнению исследователей, предпочла остаться в Кембридже. Исследователи полагают, что возникновению университета в Кембридже содействовал Эсташ (Юстас), епископ Или (1197–1215 гг.). К 1225 г. исследователи относят первое упоминание о канцлере университета, полномочия которому делегировал епископ Или. Это означало признание университета как самостоятельной корпорации, вне юрисдикции архидиакона или сельского декана. В 1231 г. английский король Генрих III издал ряд документов о финансовых и судебных правах и привилегиях университетов в Оксфорде и Кембридже. В июне 1233 г. папа Римский Григорий IX индультом подтвердил статус и правовые привилегии (ius non trahi extra) Кембриджского университета. В середине XIII в. был составлен первый сборник университетских статутов (по мнению исследователей, неофициальный). В нём говорится о новых административных должностях (прокторы, педелы), описаны их обязанности. Отдельные статьи посвящены жилищным условиям преподавателей и студентов, их юридическому статусу, одежде, порядку проведения лекций, диспутов и присвоению магистерской степени; упоминаются факультеты «свободных искусств» (см. Artes liberales), канонического права и теологии. Канцлер университета избирался действующими преподавателями (regent masters), а не назначался епископом. В 1260 гг. у университета появилась собственная печать. Первая официальнаыя версия университетских статутов утверждена 17 марта 1276 г. О Кембридже как об университете (studium generale) впервые упоминается в 1290 г. в адресованном гильбертинцам письме папы Римского Николая IV. В 1318 г. этот статус был подтверждён буллой папы Римского Иоанна XXII. В 1401 г. папа Бонифаций IX отменил обязательное папское утверждение кандидатуры избранного канцлера. Окончательно независимость университета от епископской власти признал в 1433 г. папа Евгений IV. В ранний период значительное влияние на развитие университета оказали монахи нищенствующих Орденов (монастырь францисканцев в Кембридже был основан около 1228 г., доминиканцев – не позднее 1238 г., кармелитов – в 1247 г.; во второй половине XIII в. в Кембридже появились общины других нищенствующих Орденов). Влияние доминиканцев и францисканцев, особенно заметное на теологическом факультете, вызывало недовольство секулярных клириков и привело к конфликту между ними (так же как несколько раньше в Париже и Оксфорде).