Участие А.Г. Киселя в этих переговорах стало известно, и это не способствовало улучшению отношений между ним и казачеством. В феврале 1649 г. посол Богдана Хмельницкого в Москве Силуян Мужиловский говорил, что А.Г. Кисель – униат, и что хотел привести в Киев патриарха от папы. В 1647 г. А.Г. Кисель выполнил важное дипломатическое поручение. В середине 1640 гг. в связи с планами войны против Крыма возникла необходимость в сближении Речи Посполитой с Россией. При избрании послов на сейм 1646 г. волынская шляхта рекомендовала А.Г. Киселя как политика, способного добиться соглашения с Россией. Сейм дал ему полномочия обсудить с русским правительством планы союза против татар, соглашение следовало представить на утверждение сейму. В июне 1647 г. А.Г. Кисель направился в Москву. Сейм предписывал заключить договор только об оборонительном союзе, король желал более широкого соглашения. В Москве А.Г. Кисель говорил, что союз двух государств может привести к устранению татар с северных берегов Чёрного моря. В сентябре 1647 г. было заключено соглашение, которое предусматривало, что одно государство должно оказать помощь другому в случае нападения на него татар. Когда началось восстание Богдана Хмельницкого, которого поддерживали татары, А.Г. Кисель добивался, чтобы в соответствии с соглашением русское правительство выслало против них войска. Одновременно по поручению Е. Оссолинского, фактически возглавившего правительство после смерти Владислава IV Вазы в мае 1648 г., А.Г. Кисель попытался вступить в переговоры с казаками, чтобы добиться соглашения с ними и разрешить им морские походы. Он рассчитывал при этом на содействие духовенства; его посланцем к Богдану Хмельницкому в июне 1648 г. стал Петроний (Ласко), игумен монастыря в Гоще. А.Г. Кисель предлагал Богдану Хмельницкому отослать татар и искать соглашения с Речью Посполитой. На собравшемся в июле 1648 г. конвокационном сейме было принято решение начать переговоры с Б.М. Хмельницким. Во главе представителей Речи Посполитой был поставлен А.Г. Кисель, который предлагал искать соглашения с казаками, чтобы разорвать их союз с татарами и начать совместные действия против Крыма. В инструкциях А.Г. Киселя предписывалось добиваться, чтобы казаки разорвали союз с татарами, выдали пленных, за что им была обещана амнистия и увеличение реестра. Однако бунт стихийно разрастался, захватывая всё новые территории, и соглашение с казаками на предложенных условиях становилось всё менее вероятным. Киевские, черниговские и часть волынских владений А.Г. Киселя были охвачены мятежом. В августе 1648 г. комиссары не смогли проехать к Б.М. Хмельницкому через земли, охваченные восстанием. Пришлось отправить Богдану Хмельницкому письма, а А.Г. Кисель просил содействия митрополита, обещавшего помочь. Бурная дипломатическая деятельность не принесла успеха, в разных местах постоянно вспыхивали военные столкновения, и в 20-х числах августа переговоры были прерваны. А.Г. Кисель пытался добиться их возобновления при содействии митрополита, который, по его сведениям, находился в лагере Богдана Хмельницкого, но из этого ничего не вышло. А.Г. Кисель присоединился к армии, стоявшей в районе Константинова, и затем вместе с ней бежал из лагеря, опасаясь, что войско будет окружено пришедшими на помощь Богдану Хмельницкому татарами.