В начале 1645 г. представитель короля Владислава IV В. Магни привёз в Рим ряд предложений от православных Киевской митрополии. Среди них была обширная записка «Sententia cujusdam nobilis Poloni graecae religionis», автором которой исследователи с основанием считают А.Г. Киселя. Утверждая в записке, что тонкие различия по догматическим вопросам могут интересовать только теологов, автор подчёркивал, что при осуществлении соединения церквей главная роль должна принадлежать дворянству. На сеймиках необходимо выбрать послов для обсуждения спорных вопросов. Затем послы на сейме примут решение о созыве Собора для установления согласия между двумя частями «Руси». На этом Соборе, в котором будет участвовать дворянство, все спорные вопросы можно решить в дружеской дискуссии, а итог переговоров должен быть одобрен сеймом. Эти предложения отражали не только личную позицию А.Г. Киселя. Сходный способ решения религиозных споров (созыв «fraternum colloquium» православных и католиков) предлагала волынская шляхта своим послам на сейм 1645 г. Соглашаясь на уступки по некоторым догматическим вопросам, А.Г. Кисель и Пётр (Могила) упорно отстаивали автономию своей церкви. Её глава должен был избираться епископами без утверждения папой, которому он отправлял бы только своё исповедание веры. Сохранились и другие документы этого времени, исходившие от А.Г. Киселя, которые дают исследователям дополнительные сведения о его отношении к вопросу о соединении церквей. В грамоте 1643 г. об основании Покровского монастыря в его родовом имении Низкиничи (см. Низкиничский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь) А.Г. Кисель выражал сожаление, что единство христианского мира серьёзно нарушено, и теперь приходится добиваться сохранения прав «греческой» религии. Одновременно он выражал убеждение, что всякое государство является совершенным, когда оно имеет одного главу. Такой же должна быть Respublica ekklesiastika, как это и было в апостольские времена, когда во главе неё стояли преемники «верховного апостола» Петра. В грамоте 1646 г. об основании католического храма в своём имении Свойчево А.Г. Кисель писал, что у приверженцев «латинского» и «греческого» обрядов вера одна, хотя в настоящее время из-за человеческих грехов между ними нет единства. На переговорах о соединении церквей возникли трудности. Уступки по догматическим вопросам и требования широкой автономии курию не удовлетворяли, был неприемлем и способ решения проблем, предлагавшийся А.Г. Киселём. В конце концов, курия согласилась на созыв Собора для обсуждения вопроса о соединении церквей. Однако в ночь на 1 января 1647 г. митрополит Пётр (Могила) скончался. По совету А.Г. Киселя его преемником стал Сильвестр (Косов). В апреле 1647 г. в Вильно был созван съезд православных, который одобрил предложения, выдвигавшиеся раньше Петром (Могилой). 13 декабря 1647 г. А.Г. Кисель обратился к митрополиту с письмом, в котором, настаивая на сохранении церковью своих обрядов и автономии, советовал пока не обращаться к патриарху в Константинополь за подтверждением его в сане. В первые месяцы 1648 г. состоялись беседы Владислава IV Вазы и коронного канцлера Ежи (Юрия) Оссолинского с А.Г. Киселём и Сильвестром (Косовым), тогда же было принято решение созвать в Варшаве летом 1648 г. совместный Собор православных и униатов. Планы были сорваны восстанием Богданом Михайловичем Хмельницкого.