Церковь в Долискане исследователи датируют 937–958 гг. Кафоликоны Мидзнадзори, Опизы и Долисканы построены по крестообразному плану и имеют дополнительные помещения: два в Мидзнадзори и Опизе (по сторонам апсиды), четыре в Долискане (в четырёх межрукавных углах). Подкупольными устоями служат углы соединения рукавов. Исследователи отмечают, что для всех трёх церквей (особенно для опизской) характерен удлиненный западный рукав. Цкароставская церковь представляет собой своеобразный вариант архитектурного типа, названного Йозефом Стржиговским «купольный зал». Кафоликон Хандзты исследователи относят к типу вписанного креста с куполом, опирающимся на стены апсиды и западную пару свободно стоящих столбов. Купола церквей Кларджетской пустыни имеют гранёные барабаны. Для перехода от подкупольного квадрата к круглому основанию купола, по мнению исследователей, в IX в. и первой половине X в. применялись тромпы (три ряда тромпов сохранились в кафоликоне Хандзты). С середины X в. получила распространение смешанная система перехода, в которой тромпы включены в паруса (храмы в Опизе, Долискане). Характерной для архитектуры церквей Кларджетской пустыни деталью исследователи считают ломаную линию карниза барабана и зонтичное перекрытие (купол), покоящееся на барабане (Хандзта, Опиза). В монастыре Парехи сохранились руины двух стоящих близко друг к другу церквей – большой однонефной постройки с северным приделом IX в. и трёхнефной базилики с двумя парами столбов рубежа IX и X вв. Ещё одну однонефную церковь в том же монастыре (по мнению исследователей, усыпальница преподобного Михаила Парехели) исследователи датируют между 830 и 876 гг. Однонефные церкви и часовни строились и в других монастырях Кларджетской пустыни. В Цкаростави одна малая часовня стоит к югу от главной церкви и ещё три – на скалистых мысах за пределами монастыря. Своеобразным примером базилики с рудиментарным северным нефом, частично высеченным в скале, исследователи считают церковь Нука-сакдари (Нука-килисе) недалеко от Хандзты, достоверно не идентифицированную ни с одной из упомянутых в Житии преподобного Григория обителью, но несомненно принадлежащая к кругу архитектурных памятников Кларджетской пустыни. Насколько исследователи могут судить по сохранившимся примерам, церкви Кларджетской пустыни, построенные в IX в., или вовсе не имели резного убранства, или оно было крайне скупым и ограничивалось декором в виде простых прочерченных наверший над окнами (как, например, в Цкаростави). С X в. резной декор приобретает более развитые формы. В кафоликоне Хандзты (по мнению исследователей, впервые в постройках Кларджетской пустыни) применена декоративная наружная аркатура барабана – обязательный элемент фасадного убранства грузинских церквей зрелого Средневековья. В церкви Хандзты импосты декоративных арок украшены гладкими полудисками, однако уже через несколько десятилетий в Долискане они богато декорированы растительным орнаментом. К середине X в. в архитектуре Кларджетской пустыни сформировалась своеобразная система украшения окон радиально расходящимися двухцветными полосами, обрамлёнными сверху большим орнаментированным полукруглым навершием.