В Кларджетской пустыни были созданы такие памятники грузинской миниатюры как Адишское, Джручское I, Джручское II, Бертское, Пархальское, Цкароставское Четвероевангелия, Шатбердский сборник и др., здесь некоторое время хранилось Алавердское Четвероевангелие. Расцвет монастырской архитектуры в Кларджетской пустыни приходится на IX–X вв. С XI в., вслед за переносом столицы единого Грузинского царства в Кутаиси и исчезновением кларджетской ветви Багратиони, строительство в пустынях Кларджети почти прекратилось. После захвата Кларджети Османской империей в 1551 г. начался упадок монастырей. В конце XVII в. они были оставлены последними монахами. Опустевшие монастыри разрушались по естественным причинам и из-за человеческого вмешательства. В XIX–XX вв. местное население активно использовало камни из монастырских сооружений как строительный материал для своих нужд. В результате большинство монстырей Кларджетской пустыни пришли в руинированное состояние. Как правило, монастыри в Кларджети возводились на пологих скалистых склонах. Для выравнивания строительной площадки сооружали массивные каменные субструкции. Основные монастырские здания были построены близко друг к другу, образовывая на относительно небольшой площади тесную группу. Исключение составляет монастырь Парехи, протянувшийся почти на 200 м вдоль узкого и длинного выступа скалы. Первое письменно засвидетельствованное монастырское строительство в Кларджети связано с основанием монастыря Хандзта и относится к началу 780 гг. По словам Георгия Мерчуле, все монастырские строения, возведённые преподобным Григорием и его сподвижниками, были деревянными. В дальнейшем основным строительным материалом в Кларджетской пустыни стал камень. Кирпич использовался крайне редко (например, в сводах дополнительных помещений в Долискане). В IX в. обычно применяли грубо тёсанные камни, уложенные в ровные ряды. С X в. благодаря поддержке правителей из рода Багратиони на фоне общего экономического и культурного подъёма наблюдалось совершенствование техники строительства, что было выражено в лучшей обработке камня и в применении высококачественного известкового раствора. В больших монастырях кафоликоны были купольными. Сравнительно хорошо сохранились церкви Хандзты и Долисканы. Кроме того, по фотографиям, чертежам и описаниям, сделанным в XIX – начале XX вв. Андреем Михайловичем Павлиновым и Николаем Яковлевичем Марром, исследователи в общих чертах представляют архитектурный облик кафоликонов в Цкаростави, Мидзнадзори и Опизе. Первые два исследователи датируют временем основания монастырей, т.е. 830–840 гг. План и пространственная структура храма в Опизе исследователи относят ко времени восстановления монастыря Гурамом Мампали (ум. в 882 г.), церковь была частично перестроена в середине X в. Кафоликон Хандзты был возведён в 910–920 гг. зодчим Амоной по заказу Ашота Кухи и Гургена Великого.